В том же году, когда политическая ситуация изменилась и Александру VI потребовалось свободно действовать против французов, Цезарь романтически, переодевшись конюхом, бежал из плена. Ему удалось пройти сквозь ряды французских солдат, и его не опознали в костюме простолюдина. Этот поступок прибавил ему популярности.
Итальянские войны продолжались несколько лет с переменным успехом. Брат Хуан не блистал как полководец. А в 1497 году он был убит при таинственных обстоятельствах. Во время очередного пира (а Хуан любил и умел пировать) за ним пришел человек в маске — его никто не узнал. Хуан последовал за неизвестным — и исчез. Когда развернулись поиски, какой-то рыбак сказал, что он видел, как ночью некие всадники сбросили тело в Тибр. Реку обшарили и нашли тело зарезанного Хуана. В том же году Цезарь отказался от сана кардинала, чтобы возглавить войско римского папы. Его давняя мечта сбылась.
В 1499 году он побывал с визитом во Франции, у молодого короля Людовика XII, который сменил на троне скончавшегося Карла VIII. Это давало надежду на то, что Франция перестанет быть столь враждебна и опасность для Италии с севера будет не так сильна. Цезарю Борджиа было поручено привезти в замок Шинон важное для Людовика XII папское разрешение на развод.
Визит имел несколько целей. Папа Александр VI надеялся перейти от вражды к союзническим отношениям (и это на некоторое время удалось), найти во Франции опору и получить войско (он его получит), а Цезарь должен был обрести жену.
Процессия выглядела эффектно. 24 белых мула, нагруженных дарами королю. Рядом ведут под уздцы 16 чистокровных коней в серебряной сбруе. Толпа пажей и слуг. На Цезаре Борджиа кольчуга из тонких золотых листьев. Он уже надел золотую герцогскую цепь с бриллиантовым украшением, хотя только должен получить титул герцога из рук короля Франции. Ходят разговоры, что у герцогского коня золотые подковы. Все надеются, что хоть одна из них отпадет и ее можно будет подобрать.
Переговоры прошли благополучно. Правда, Итальянские войны завершатся только в 1559 году знаменитым Като-Камбрезийским миром. Но уже сейчас папа получил военную поддержку со стороны Людовика XII для наведения порядка в Папской области и покорения области Романья. Французский король выделил ему 2000 всадников и 6000 пехотинцев. Александр VI стремился создать крепкое ядро в центре Италии и, может быть, потом объединить ее всю под эгидой папства.
Цезарь, как и задумывал, обрел невесту — правда, не ту, что предполагалось. Та, с целью жениться на которой он прибыл, решительно отказалась от этого брака. Невестой Борджиа стала сестра короля Наварры Шарлотта д’Альбре (из этого знаменитого рода д’Альбре будет происходить Генрих IV Наваррский).