Тогда же, в 1990 году, впервые были обнаружены полиморфные вирусы, первенцем среди которых принято считать вредоносную программу, известную под названием Chameleon. Полиморфные вирусы используют специальную технологию, формирующую код вредоносной программы прямо во время ее исполнения, то есть буквально «на ходу». При этом сам код, описывающий алгоритм формирования исполняемого файла вируса, тоже не остается постоянным и меняется от одного инфицированного объекта к другому. Благодаря тому что вирус в результате всех этих манипуляций непрерывно «мутирует», его опознание, выявление и обезвреживание средствами антивирусных программ были в то время чрезвычайно затруднены. Другим известным полиморфным вирусом, также распространявшимся в 90-м году, стала вредоносная программа под названием Tequila.
1992 год ознаменовался массовой эпидемией вируса Michelangelo, заразившего миллионы компьютеров по всему миру. Michelangelo можно назвать одним из первых в истории загрузочных вирусов, поскольку он, инфицируя компьютеры, работающие под управлением MS-DOS, модифицировал основную загрузочную запись операционной системы (Master Boot R ecord, M BR). Свое название вирус получил за то, что активировал свои вредоносные функции один раз в год, 6 марта, в день рождения великого художника эпохи Возрождения. В этот день он заполнял первые 100 секторов жесткого диска зараженного компьютера нулями. Поскольку вирус заражал загрузочную запись, он внедрялся в память компьютера во время запуска операционной системы. Стоило пользователю вставить в дисковод инфицированной персоналки любую дискету, и при обращении к гибкому диску вирус немедленно заражал его, обеспечивая таким образом собственное распространение. Поскольку большую часть времени эта вредоносная программа находилась в состоянии «сна», активизируясь только раз в год, она успела широко распространиться по всему миру, прежде чем была впервые обнаружена.
Следующая крупная эпидемия, вызванная распространением загрузочного вируса, произошла уже в 1994 году, и ее виновником стала очень опасная вредоносная программа, получившая известность под именем OneHalf. OneHalf представлял собой полиморфный загрузочный файловый вирус. Инфицировав основную загрузочную запись (Master Boot Record, MBR), при запуске операционной системы он передавал управление своему основному исполняемому модулю, который при каждом запуске компьютера шифровал по две дорожки на жестком диске со случайным ключом. Загруженный в оперативную память резидентный компонент вируса играл роль своего рода драйвера, перехватывая все обращения операционной системы к диску и расшифровывая ранее подверженные шифрованию данные «на лету», вследствие чего операционная система не испытывала каких-либо проблем в процессе чтения-записи файлов и фактически «не замечала» присутствие вируса в системе. Однако при попытке удаления вредоносной программы доступ к хранящейся на зашифрованных участках жесткого диска информации автоматически прекращался. После успешного шифрования половины доступного объема диска в момент загрузки операционной системы вирус в некоторых случаях выводил на экран компьютера сообщение: «