Вследствие провала штурма российские власти вынуждены были пойти на переговоры. Басаев связался по мобильному телефону с 1-м Председателем Правительства Российской Федерации Виктором Черномырдиным и добился обеспечения коридора для своих людей в обмен на освобождение заложников: сначала были освобождены роженицы и матери с грудными детьми (по некоторым данным, у боевиков к тому моменту заканчивались боеприпасы), а потом все остальные. Две штурмовые группы бойцов «Альфы», которые прорвались в здание больницы и завязали там бой, получили приказ отступить. Захватив с собой 123 заложника, боевики погрузились в автобусы и колонной направились в сторону Чечни, освободив всех недалеко от горного селения Зандак. В результате акции чеченских боевиков в Будённовске погибло 129 мирных граждан, 18 работников милиции, 18 военнослужащих (включая трёх сотрудников «Альфы» — майора В. В. Соловова, лейтенантов Д. В. Рябинкина и Д. Ю. Бурдяева). Среди казнённых боевиками во время теракта заложников были и мирные жители, и находившиеся на лечении в больнице раненые лётчики. 415 человек получили ранения различной степени тяжести. 22 июня в Клубе имени Дзержинского на Лубянке состоялось прощание с погибшими офицерами «Альфы».
Захват заложников в Будённовске стал одним из наиболее шокирующих эпизодов Первой чеченской войны, а командир группы «Альфа» Александр Гусев утверждал, что решение группы об отказе от штурма было единственным способом спасти жизни людей. Участвовавший в штурме офицер «Альфы» Константин Никитин утверждал, что в случае выхода оперативников на второй этаж была бы слишком высокая вероятность гибели заложников от пуль бойцов группы «А»: Допустим, что «Ашники» всё же вошли бы в больницу и вышли на второй этаж. Трудно даже предположить, как бы они выполняли задачу дальше, когда пространство между террористами и бойцами группы антитеррора забито заложниками. От чьих пуль больше бы пострадали они, и что бы началось, какая паника и сумятица в этой мясорубке?
Президент союза «Офицеры группы «Альфа» Алексей Филатов, бывший пулемётчиком группы во время штурма, в интервью «Московскому комсомольцу» заявил, что в случае доведения боя до конца группа потеряла бы около 70 % бойцов, половина заложников погибла бы от пуль оперативников, а другая половина была бы взорвана террористами вместе со зданием. Об этих возможных последствиях штурма члены штаба «Альфы» в Будённовске постоянно докладывали политическому руководству России, однако президент России Борис Ельцин настоял на силовом решении конфликта и штурме больницы.