Вечером 24 декабря 1979 года сотрудники группы «А» и иные бойцы спецподразделений КГБ СССР и ВС СССР прибыли в Кабул, не обсуждая даже друг с другом детали своей командировки[44]. А 27 декабря прошла операция в районе Дар-уль-Аман по захвату дворца Тадж-Бек, известного также как «дворец Амина», и свержению афганского лидера Хафизуллы Амина. В ней участвовали 24 сотрудника группы «А», действовавшие в составе нештатной боевой группы «Гром», вместе с бойцами ОСН «Зенит» Первого главного управления КГБ СССР численностью 30 человек. Кодовое название всей операции по смене власти в Кабуле — «Байкал-79». Эта операция считается одной из наиболее известных в истории деятельности «Альфы». Начало операции было ознаменовано взрывом «колодца» связи в 19:15 и обесточивания Кабула. Штурм дворца длился, по разным данным, от 40 до 43 минут, в результате которого были ликвидированы собственно Амин, его любовница и один из его сыновей. Активную поддержку отрядам «Гром» и «Зенит» оказали так называемый «мусульманский батальон» ГРУ и 9-я рота десантников 345-го отдельного полка ВДВ под командованием старшего лейтенанта В. А. Востротина. Из тяжёлого вооружения в распоряжении оперативников были две ЗСУ типа «Шилка» и шесть БМП. Старшими подгрупп в ходе штурма были: О. А. Балашов, С. А. Голов, В. П. Емышев и В. Ф. Карпухин. Общее руководство осуществлял заместитель командира группы «А» майор М. М. Романов. Командир «Зенита» — Я. Ф. Семёнов. Одновременно с проведением операции «Шторм-333» бойцы спецподразделения были задействованы вместе с десантниками для захвата стратегически важных объектов, расположенных в разных частях афганской столицы — царандоя (МВД), штаба ВВС и центрального телеграфа.
Однако, несмотря на успешное завершение операции, в результате штурма погибли два сотрудника группы «А» — капитан Д. В. Волков и капитан Г. Е. Зудин. Ещё несколько бойцов получили тяжёлые ранения (так, В. П. Емышев потерял руку), что грозило им увольнением со службы по инвалидности. Однако занимавший должность начальника 7-го управления КГБ СССР А. Д. Бесчастнов добился того, чтобы этих сотрудников оставили в кадрах КГБ. 28 апреля 1980 года Указом Президиума Верховного Совета СССР звания Героя Советского Союза были присвоены бойцу спецгруппы «Зенит» Г. И. Бояринову (посмертно), а также оперативникам группы «Альфа» В. Ф. Карпухину и Э. Г. Козлову; эти награды, как и награды другим отличившимся бойцам, были вручены Карпухину и Козлову 21 мая из рук первого заместителя председателя Президиума Верховного Совета СССР В. В. Кузнецова, хотя изначально награждение собирался проводить Л. И. Брежнев.