В Эфесе и Коринфе Павел собирает немного денег для Иерусалимской Церкви, тогда особенно бедствовавшей. С этим даром он возвращается в Иерусалим, но там Павла задерживают иудеи, которые считают его предателем отеческой веры, и передают римлянам. Как римский гражданин Павел требует суда у кесаря, после чего его отправляют под стражей на корабле из Кесарии в Рим. В Риме ему позволяют, в ожидании суда, жить «особо с воином, стерегущим его». Так промыслительно осуществляется видение Павла, и он два года проповедует Евангелие в столице империи. Тем временем в Рим прибывает и Петр, всеми признанный глава всех христианских общин.
Спустя два года после прибытия Павла его дело рассматривается в римском суде. Апостола оправдывают, и освобожденный Павел приветствует христиан в Риме. Вскоре он отправляется в новое путешествие на Восток, чтобы в последний раз навестить своих учеников.
Между тем в Риме обстановка изменяется к худшему. Власти, ранее терпимые к христианам, теперь относятся к ним с подозрением. Христиане отказываются признавать божественность императора и предпочитают подвергаться гонениям, но не идти на уступки; кроме того, положение дел усугубляется тем, что в это время в Риме правит жестокий и безумный император Нерон. После того как Нерон поджег город и распространил слух, что это дело рук христиан, беснующаяся толпа в поисках успокоения растерзала множество верующих. В то время в Риме находился и святой Петр, который, по преданию, был распят в 64 году. Через два года апостола Павла вновь задерживают и доставляют в Рим. В Риме его ждет суд по обвинению в том, что он исповедует христианство. Весной 67 года апостола судят и признают виновным в неповиновении законам государства. Павла как римского гражданина не могли распять, его обезглавили в Риме, в местечке, получившем затем название «Три источника».
Остальные апостолы покидают Палестину, чтобы нести Благую Весть в самые удаленные земли, памятуя слова Христа о том, что Евангелие должно быть возвещено всем народам. Ап. Фома добирается даже до Индии. Ап. Андрей, согласно преданию, пересекает море и достигает речного порта – будущего города Киева. Марк-евангелист, ученик святого Петра, отправляется в Африку и останавливается в Александрии, где и зарождается Великая Христианская Церковь Египта и Африки.
Таким образом, с самого начала Церковь обнаруживает свою миссионерскую природу. После нероновских гонений Церковь, наконец, может свободно вздохнуть. Это продолжается несколько лет до тех пор, пока новый император Домициан (81–96) не начинает преследовать христиан. Ап. Иоанн вынужден покинуть Эфес, он находит убежище на острове Патмос. Там, живя в уединении, он творит Апокалипсис, последнюю книгу Нового Завета. По прошествии жестоких гонений святой Иоанн возвращается в Эфес и там умирает около 100 года. После Нерона и Домициана римские власти больше официально не преследуют христиан, но требуют от них того, что противно их совести: поклоняться языческим богам и прибегать к насилию. Знаменателен ответ императора Траяна Плинию Младшему, императорскому легату в Вифании (111 год): христиан не следует разыскивать, но если на них доносят и они отказываются приносить жертвы богам, то их следует карать.