За более чем тысячелетнюю историю своего существования джейтунская культура не оставалась неизменной. Изучение поселений позволило выделить в их истории три периода (фазы), причем они характерны для джейтунской культуры в целом, но не для каждого поселения в отдельности. Дело в том, что одни поселения существовали только в одной фазе, другие — в двух; одни из них существовали в первой и второй, другие — во второй и третьей. Это распределение по фазам далеко не полное и не очень точное, так как не все поселения пройдены стратиграфическими шурфами до материка, значительные же раскопки проведены лишь на небольшом числе памятников. Но и проделанная работа позволяет с достаточной определенностью представить себе процесс развития джейтунских поселений, прогресс их материальной культуры.
Установлено, что в 1-й период существовали: Джейтун, Песседжик, Тоголок, Чопан; во 2-й — Вами, Найза, Песседжик, Чопан, Тоголок, Новая Ниса, Келята, Кантар, Кепеле, Ярты-Гумбез, Чагыллы, Гадыми; в 3-й — Вами, Чагыллы, Монджуклы. Весьма вероятно, что на Джейтуне жизнь прекратилась не в 1-й, а во 2-й фазе. За это говорит находка фрагментов керамики, характерной именно для средней фазы джейтунской культуры. Но решение этого вопроса затрудняется тем, что постройки последнего периода существования Джейтуна уничтожены развеванием. На Монджуклы же жизнь не закончилась в 3-й фазе, продолжаясь и в последующую, уже энеолитическую эпоху. Таким образом, этот памятник служит связующим звеном между джейтунской и анауской культурами. Из других достаточно изученных поселений можно назвать Тоголок и Песседжик, которые запустели где-то в середине 2-го периода, и Чопан, на котором жизнь прекратилась в конце этой же фазы.
Освоение подгорной полосы началось с ее центральной части: ведь именно здесь найдены наиболее древние поселения джейтунской культуры. Затем джейтунцы стали расселяться на запад, где они дошли до района современного Кизыл-Арвата, и на восток, где они добрались до района современных селений Меана и Чаача.
Самым консервативным элементом джейтунской культуры оказалась архитектура. В течение всех трех периодов планировка жилых домов оставалась практически неизменной, так же как и планировка поселений. Только строительная техника сделала рывок: в 3-й период в Чагыллы появляется плоский прямоугольный кирпич, постепенно сменяющий глиняные «булки», до этого безраздельно господствовавшие и на Джейтуне, и на Чопане, и на Песседжике, и на других джейтунских поселениях.
Чем только не покрывали полы своих жилищ джейтунцы! В самом Джейтуне их белили известкой; в Чагыллы (3-й период) они промазывались глиной; в Чопане (2-й период) в одних домах полы промазывались глиной, в других покрывались золой и утрамбовывались. В Тоголоке (2-й период) обнаружен дом, в котором пол выложен «булками», а сверху обмазан глиной. В Песседжике (2-й период) в одном доме пол покрыт алебастром (!), в другом — глиной толщиной 3–4 см. Довольно часто пол, видимо, устилали тростниковыми циновками, отпечатки которых найдены в Песседжике и Чопане.