1912-й стал годом, когда их дружба подверглась тяжкому испытанию из-за колебаний и бесконечной нерешительности Ференци в выборе между Эльмой и Жизеллой, притом что последняя была готова пожертвовать собственным счастьем ради счастья дочери. Запутанность и сложность ситуации заставляют Ференци выразить в письме от 8 марта 1912 г. предположение, что трудности прямо связаны с его бессознательным враждебным отношением к Фрейду: «Вы были правы, сказав мне во время моей первой поездки в Вену, где я раскрыл перед вами мои матримониальные намерения, что заметили на моем лице то же вызывающее выражение, которое было у меня в Палермо, когда я отказывался работать с вами».
Фрейд проводил анализ Эльмы в течение трех месяцев, с января до конца марта 1912 г. Затем Ференци, чтобы проверить глубину чувств Эльмы к нему, вновь берет ее в анализ с конца апреля по август. И в момент, когда он смог принять подсказанную Фрейдом интерпретацию своего «материнского комплекса», Ференци рвет свою связь с Эльмой, как аналитическую, так и чувственную. Вскоре она выходит замуж за американца по имени Лорвик. Но это не означает, что Ференци избавился от нерешительности и затягивания вопроса относительно Жизеллы, чей возраст не перестает его смущать и на которой он все-таки женится в 1919 г. Семья Ференци никогда полностью не выйдет из этого кризиса: Жизелла, чье сердце было ранено, всегда будет разрываться между любовью к Ференци и материнской любовью.
В январе 1912 г., в момент, когда чувства Ференци сильно потревожены, начинается история с Юнгом и нависает угроза больших разногласий с последним. Фрейд пишет Ференци в письме от 23 января 1912 г.: «Перспектива всю свою жизнь делать все самому и не оставить после себя по-настоящему достойного преемника не слишком утешительна. <…> Сейчас я вновь надеюсь на вас и со всей уверенностью полагаю, что вы оправдаете эти мои надежды». На предложение подумать о том, чтобы однажды заменить Юнга в качестве официального преемника, Ференци, под влиянием личных неурядиц, отвечает, что пока для этого не годится. Проходит год, тучи над головой Юнга сгущаются — по мнению Фрейда, он стал meschugge («чокнутый», «сумасшедший» на идиш). Гром разразился в конце 1912 г. в связи с одним письмом, адресованным Юнгом Фрейду, в котором он упрекает последнего, что тот обращается со своими учениками, как с пациентами, и что самоанализ не помог ему избавиться от невроза.
В июле Джонс с целью сохранения научного наследия Фрейда приступает к созданию «Тайного комитета», который объединит в себе Ференци, Абрахама, Ранка, Закса, Джонса. Узнав об этом, Фрейд пишет Джонсу: «Признаюсь, мне было бы легче жить и умереть, зная, что существует сообщество, способное защитить мои труды»