Михаил избежал ареста и уехал в Ленинград, где в 1926 году поступил на Высшие богословские курсы — единственное существовавшее в то время учебное заведение Русской Церкви. Знаменитая Санкт-Петербургская духовная академия была закрыта уже в 1918 году, и ее здания были переданы другим учреждениям. Однако здание семинарии разрешили использовать для Богословско-пастырских курсов — учебного заведения с двухлетним циклом образования. В 1920 году курсы были преобразованы в Богословский институт, в числе преподавателей которого были многие видные профессора Санкт-Петербургской академии. В мае 1923 года институт был ликвидирован властями, а в марте 1924-го аналогичный институт открыли обновленцы. В сентябре 1925 года на базе Богословских курсов Центрального района Ленинграда были созданы Высшие богословские курсы, ректором которых стал недавно освобожденный из заключения профессор протоиерей Николай Чуков (будущий митрополит Ленинградский Григорий)[23].
Протоиерей Николай Чуков
Епископ Сергий (Мельников) и любимское духовенство. 1925 г.
На Богословских курсах Михаил учился вместе с Н. Д. Успенским, который впоследствии стал крупнейшим православным литургистом и знатоком древнего церковного пения. Преподавали на курсах бывшие профессора Санкт-Петербургской духовной академии и Санкт-Петербургского университета. В крайне стесненных условиях, гонимые и преследуемые атеистическим режимом, они предпринимали героические усилия для того, чтобы сохранить едва теплящийся огонек богословской науки.
Вспоминает Патриарх Кирилл: «На развалинах духовных академий в 20-х годах наши выдающиеся богословы, которые работали как в академиях, так и в университетах, создавали очаги богословского просвещения. Знаменитый Богословский институт в Петрограде… представлял из себя не что иное, как место сотрудничества профессоров Санкт-Петербургского университета и Санкт-Петербургской духовной академии. После пяти с небольшим лет существования это учебное заведение было разогнано, большинство профессоров арестовано. Вспоминаю об этом для того, чтобы подчеркнуть, какой же все-таки огромный потенциал — не только творческий, но и волевой — присутствовал у наших отечественных богословов. В сложное время они пытались воссоздать очаг русской богословской мысли»[24].
Михаил Гундяев завершил обучение на Высших богословских курсах весной 1928 года. А осенью они были закрыты, после чего Михаила призвали в армию. По окончании двух лет военной службы он вернулся в Ленинград, имея намерение поступить в Медицинский институт. Однако единственным учебным заведением, в которое можно было поступить, имея на руках диплом Богословских курсов, оказался Механический техникум.