В литературе есть свидетельства обращения профессора к властям по поводу поддержки репрессированных по политическим мотивам студентов[38]. В сентябре 1902 года А. Е. Фаворский оказался избранным в число кураторов естественного отделения физико-математического факультета (вместе с Д. П. Коноваловым, П. И. Броуновым, Н. Е. Введенским)[39]. Комиссия кураторов играла существенную роль в организации системы студенческого самоуправления и была своеобразным центром политического диалога между радикальным студенчеством и либеральной профессурой[40].
Как известно, события 1905–1907 годов не только захватили университет, парализовав в нем учебную жизнь, но и сделали его одним из основных центров демонстраций, проходивших в столице[41]. Татьяна Алексеевна, вспоминая о революционной ситуации в университете, иронически пишет об «орателях» (митингующих), но не скрывает, что симпатии ее семьи, как и всего общества, были на их стороне. Вообще, с данного момента можно начать прослеживать интереснейшую сюжетную линию повествования — важную для понимания такой актуальной темы, как власть и интеллигенция в России. Речь идет о самой Татьяне Алексеевне. Именно тогда, после разговора с Г. Ф. Ярцевым, она многое поняла: «…как бы завеса спала с глаз, я как бы воочию увидала тот мир произвола и насилия, о котором я и раньше слышала и знала, но теперь увидала хороших, честных людей, которых я уважала, ставших жертвой этого произвола. Я стала задумываться о том, что я буду делать, когда совсем кончу учиться, хотела делать какое-нибудь действительно полезное дело, мечтала достать какие-нибудь „политические“ книги, познакомиться с политическими деятелями. Обо всем этом можно было только писать в моей тетрадке, говорить об этом было не с кем, ни Липа, ни гимназические подруги для таких разговоров не подходили. Единственной, с кем я могла говорить на волновавшие меня темы, была Маргарита, хотя она сама и не принимала участия в революционной работе, у нее были знакомые среди социал-демократов». Впрочем, революционной деятельностью Татьяна Алексеевна так и не занялась, но, как и отец, сохраняла весьма скептическое отношение к власти. События же 1905–1907 годов отблесками и зарницами мерцали где-то в параллельном мире…
Между тем эти события привели к устранению ограничений университетской автономии, установленной уставом 1884 года, в частности к восстановлению системы выборов должностных лиц университета, в том числе ректора. В сентябре 1905 года сравнительно молодой А. Е. Фаворский в числе ряда других профессоров предпринял попытку побороться за позицию ректора университета. Выборы, в которых приняло участие 14 кандидатов, проходили по сложной схеме в два этапа — рейтинговым голосованием. На втором этапе А. Е. Фаворский занял третье место (30 избирательных, 38 неизбирательных шаров), что свидетельствовало о его высокой популярности в корпорации. Победил же коллега А. Е. Фаворского по факультету профессор И. И. Боргман: 40 голосов — за, 28 — против