А. Е. Фаворский такое поручение получил сразу, и в ноябре 1891 года по представлению физико-математического факультета университетский совет принял решение о выделении на 1892 год А. Е. Фаворскому годового вознаграждения в размере 600 рублей (аналогичная сумма выделялась и в последующие годы). Эта же сумма выплачивалась ему затем как сверхштатному профессору[21]. Гонорар (плата за лекции, вносимая студентами) у А. Е Фаворского, по крайней мере до 1902 года, также был небольшим. Например, в 1896 году он составлял 142 рубля (для сравнения: у Н. А. Меншуткина — 1414 рублей, у Д. П. Коновалова — 4844 рубля)[22]. Получавшаяся таким образом сумма позволяла семье не бедствовать, но стандарты жизни, принятые в кругу, в котором вращались Фаворские, требовали дополнительного заработка. Вероятно, в том числе и с этим обстоятельством связаны многочисленные приработки отца, о которых вспоминает Татьяна Алексеевна, — в Михайловском артиллерийском училище, Михайловской артиллерийской академии, затем на Высших женских курсах и в Технологическом институте.
Правда, уже с 1 января 1899 года А. Е. Фаворский стал штатным экстраординарным, а через несколько месяцев (с 1 сентября) — ординарным профессором[23]. Разумеется, некоторые сложности были вызваны тем, что занимаемая им кафедра (технологии и технической химии) не вполне соответствовала его специализации, связанной с органической химией, курс которой традиционно читался профессором по «основной» кафедре химии. С 1902 года, после ухода профессора Н. А. Меншуткина в Политехнический институт, А. Е. Фаворский стал читать в университете курс органической химии, передав курс технической химии приват-доценту В. Е. Тищенко[24]. После же ухода из университета профессора Д. П. Коновалова в 1907 году А. Е. Фаворский наконец стал ординарным профессором кафедры химии, а В. Е. Тищенко обрел искомую профессуру по бывшей кафедре А. Е. Фаворского[25]. Надо отметить, что Татьяна Алексеевна (как и другие биографы А. Е. Фаворского) не придает значения бюрократическим формальностям. Для Татьяны Алексеевны переход А. Е. Фаворского и В. Е. Тищенко состоялся уже в 1902 году с началом фактического исполнения ими новых обязанностей. Она иначе передает названия кафедр, именуя кафедру технологии и технической химии — кафедрой аналитической и технической химии, а кафедру химии — кафедрой органической химии, что отражает более поздние (послереволюционные) реалии. Можно отметить, что, кроме обретения кафедры и лаборатории с любимой специализацией, А. Е. Фаворский значительно упрочил материальное положение семьи — университетский заработок колебался в зависимости от численности студентов, но, учитывая гонорар, составлял после 1902 года не менее 5000 рублей (Т. А. Фаворская пишет о профессорской зарплате в 3000 рублей, но эта сумма не учитывает гонорарных выплат). Вскоре после формального закрепления за ним искомой кафедры химии в университете А. Е. Фаворский передал Л. А. Чугаеву кафедру в Технологическом институте.