Другим направлением приложения сил русских пассионариев в XVI веке стали свобода совести и «правдоискательство». Широко начали распространяться разные «ереси» – иные толкования христианских учений. Это сопровождалось внутренней борьбой, влияло на политику княжества, поэтому сопровождалось репрессиями и сожжением еретиков на кострах.
С воцарением Ивана Грозного энергия молодого царя направилась, прежде всего, на упрочнение восточной границы, кровоточащей нескончаемыми набегами, грабежами и захватами в рабство. Молодой царь был заинтересован и развитием экономических отношений с Западной Европой.
Враждебная татарская Казань была покорена Иваном Грозным в 1552 году, и на ее месте был построен русский город. При этом казанские мирные жители в большинстве не пострадали. Другие народы, входившие в Казанское ханство, занимавшиеся работорговлей русскими людьми на Волге, были присоединены к России на весьма «щадящих» условиях. По окончании этой войны на землях Казанского ханства было освобождено до 100000 русских пленников и рабов. Последовавший затем захват Астрахани, завоевание всей Волги, выход к Кавказу и Каспию облегчили торговые связи России с Персией и другими дальними странами.
Высокий пассионарный уровень русских людей той эпохи привел их к победам и на западе, в Ливонии. Непрекращающиеся многие столетия кровавые стычки с ливонскими немцами на западной границе, привел к внезапному захвату русскими пограничниками крепости Нарва. Последовавшая затем тяжелая многолетняя война присоединила к России половину прибалтийской Ливонии. В той войне русские противостояли всей северной Европе: к ливонским немцам присоединились наемники из Швеции, Дании, Польши. К сожалению, война с Ливонией оказалась для России напрасной и неудачной.
Сильный удар по пассионарности русского этноса нанесла опричнина, созданная психически нездоровым к концу жизни царем Иваном Грозным. Задачей опричников было «изводить государеву измену», причем определять измену должны были они сами. За семь лет на Руси установился жестокий произвол. Голословного обвинения или доноса было достаточно, чтобы казнить человека самой зверской казнью.
Однако пассионарность в глубине России сохранялась, и была намного активнее, чем в Москве, пострадавшей от геноцида опричнины. Позже это стало одной из причин крупного восстания под началом Ивана Болотникова, объединившего силы всех недовольных «шатанием» в центре и избранием нового царя Василия Шуйского. Но это было только началом грядущих несчастий. Ослабленная внутренними распрями, под натиском внешних врагов с Запада, Московская Русь вскоре погрузилась в разрушительную Смуту.