Против вооружённых отрядов ОУН — УПА проводились операции, в которых участвовало до пяти тысяч штыков. В «больших облавах», прочёсывании лесов и гор принимали участие не только спецподразделения внутренних войск, но и армейские формирования при поддержке артиллерии и авиации.
К концу 50-х годов с организованным вооружённым подпольем в Прикарпатье и других областях Западной Украины, с кровавым террором «хлопцев из леса» было покончено. Свою лепту в это внесли войска Прикарпатского военного округа.
Дочь маршала Лариса Амазасповна, вспоминая конец 50-х и ту тревогу, с которой она каждый вечер с мамой и сестрой ждала возвращения со службы отца, рассказывает, что по ночам на улицах Львова гремели выстрелы. Ещё беспокойней жили другие города.
В июне 1959 года последовало новое назначение — командующим войсками Одесского военного округа. Округ сложный, ответственный, пограничный. Офицерам и солдатам округа новый командующий запомнился тем, что много своей энергии уделял строительству жилья для офицеров и их семей, благоустройству военных городков, строительству казарм, оборудованию учебных полей, аэродромов, танкодромов, стрельбищ. При нём был построен стадион с футбольным полем Спортивного клуба армии (СКА). «За большой вклад в дело укрепления оборонной мощи войск Одесского военного округа и в связи с 60-летием со дня рождения генерал-полковник танковых войск А. X. Бабаджанян Указом Президиума Верховного совета СССР от 17 февраля 1966 г. награждён орденом Ленина».
Через год старый танкист был назначен на должность начальника Военной академии бронетанковых войск им. Маршала Советского Союза Р. Я. Малиновского. В октябре 1967 года был опубликован Указ Президиума Верховного совета СССР о присвоении ему звания маршала бронетанковых войск.
Занимая различные высокие посты и имея самые широкие возможности, генерал Бабаджанян всегда оставался человеком скромным. Однажды произошёл такой случай.
Рабочая группа академии готовила к выпуску фундаментальный научный труд «Танки и танковые войска». Бабаджанян к тому времени имел ряд научных работ. И Учёный совет академии хотел представить его к званию профессора. Он тут же возразил: «У меня достаточно высокое звание — маршал! Хватит для одного человека».
В мае 1969 года последовало новое назначение — командующим бронетанковыми и моторизованными войсками Советской армии и членом Военного совета Сухопутных войск. В апреле 1975 года вышел Указ Президиума Верховного совета СССР о присвоении ему звания главного маршала бронетанковых войск.