Исполнителем царской воли стал чудовский архимандрит Иоаким (будущий патриарх), неожиданно начавший церковное следствие прямо в доме боярыни Феодосии Прокопьевны Морозовой 16 ноября 1671 года. Известны слова Иоакима, вполне объясняющие его роль в этом деле: «…Не знаю старые веры, ни новые, но что велят начальницы, то и готов творити и слушать их во всем». Вместе с чудовским архимандритом в обыске в боярском доме участвовал глава Стрелецкого приказа думный дьяк Ларион Иванов. Именно по их приказу боярыню вынесли из дома на кресле, когда она, поддерживая версию о своей «болезни», отказалась идти куда бы то ни было (этот момент изображен на картине другого исторического живописца, Александра Дмитриевича Литовченко, также «дословно» проиллюстрировавшего текст «Повести»). И в дальнейшем, когда 18 ноября боярыню заставили предстать перед судом в Чудовом монастыре — «и принесоша Феодору и вшедши во едину от полат вселенских», — она еще могла надеяться, что царь согласится с ее версией и не будет преследовать дальше непокорных сестер.
Обличать боярыню Морозову взялись хорошо известный по событиям церковного собора 1666/67 года митрополит Крутицкий Павел и все тот же чудовский архимандрит Иоаким. Судя по рассказу «Повести…», «прения с ними» продолжались «от 2-го часа нощи до десятого», отказ боярыни от причастия по тем же Служебникам, по каким причащались царь и его семья, стал главным основанием для обвинений ее в еретических действиях. Непокорившуюся сторонницу старой веры сначала также отнесли «на сукне в дом» и посадили там в подклете вместе с сестрой, предварительно заковав в железо, под охраной стрельцов. На следующий день, еще более мучая узницу, ей вместо ножных кандалов положили железные «чепи на выя» и навсегда увезли из дома к месту ее первого заточения на подворье Псково-Печерского монастыря на Арбате, купленному незадолго до этого Приказом Тайных дел. Тогда-то боярыня Феодосия Прокопьевна и показала всем силу своей веры. Согласно «Повести…», когда ее везли через Кремль, мимо Чудова монастыря, «под царские переходы», она демонстративно подняла вверх руку с двоеперстием — «руку же простерша десную свою… и ясно изъобразивши сложение перст»: часто осеняя себя крестом и «чепию такожде часто звяцаше», она надеялась, что царь Алексей Михайлович увидит «победы ея».
Окончательно судьба боярыни Морозовой решится много позже, когда незадолго до своей смерти в 1673 году патриарх Питирим возьмется увещевать опальную староверку. Это приведет к пыткам при участии членов Думы, стоявших «над муками» опальных сестер. Царь Алексей Михайлович и Дума так и не могли придумать, что с ними делать, хотя готовы были даже казнить их: «А на Болоте струб поставили». Патриарх Питирим склонял Думу предать боярыню Морозову «сожжению», но «боляре не потянули»; князь Юрий Алексеевич Долгорукий смог убедить их «малыми словами, да многое у них пресек». Вся эта история была еще и болезненным разрывом с прошлым для царя Алексея Михайловича: ведь он расправлялся не только с семьей дворецких прежней царицы Марии Ильиничны, но и с наследницей состояния своего воспитателя — боярина Бориса Ивановича Морозова. Сестра царя Ирина Михайловна открыто высказала брату, сколь неблагодарным к памяти Морозовых он выглядит: «Достойно было попомнити службу Борисову и брата его Глеба». Показателен и «великий гнев» царя, так ответившего сестре: «Добро, сестрица, добро! Коли ты дятчишь (заботишься. —