Когда через семь месяцев Алфонсу д’Албукерки вернулся на Сокотру, он застал своего племянника, начальника гарнизона Алфонсу ди Норонью, серьезно больным. Четверо из его людей погибли, остальные были в очень плохом состоянии. Арабы, бежавшие в горы, убедили местных жителей в том, что франки (так называли всех европейцев) пришли обратить их в рабство. Островитяне восстали против португальцев, разграбили крепость, убив несколько человек, и прекратили снабжение гарнизона продовольствием. В результате португальцы терпели всяческие лишения: им пришлось есть пальмовую кору и дикие плоды. Лодки их сгнили, корабли нуждались в ремонте. Д’Албукерки разделил поровну все продовольствие, которое у него было, а также выплатил гарнизону жалованье за все восемь месяцев.
В мае все корабли португальского флота встали на сезонную стоянку на Сокотре.
«Тогда Алфонсу д’Албукерки со всеми силами, что у него были, пошел войной на туземцев. Будучи изрядно побиты и приняв кару за убийство наших людей, они обратились с просьбой заключить мир. Он согласился удовлетворить их желание при условии, что они будут ежегодно выплачивать людям в крепости контрибуцию в 600 голов овец, 20 голов коров и 40 мешков фиников».
После того как карательная кампания была успешно завершена, Алфонсу д’Албукерки отплыл с Сокотры. В ноябре 1509 г. он стал вице-королем Индии и больше не возвращался на остров. Гарнизон же еще год-два вел борьбу за существование, а потом, истощенный болезнями и недоеданием, убрался с острова. После этой первой зимы, когда португальский флот едва не унесло в море юго-западным муссоном, остров уже не использовали для зимней стоянки, хотя в последующие годы португальские корабли, бороздившие океан, время от времени заходили на Сокотру заправляться водой. Невзирая на тропическую жару, португальцы в своих шлемах и панцирях проникали везде, жгли и крушили, расширяя границы великой португальской империи, которой вскоре суждено было умереть. Гоа, Ормуз, Аден, Малакка, африканские города подверглись ожесточенным атакам португальских конкистадоров.
Альфонсу д’Албукерки был одним из самых удачливых завоевателей. Он принимал участие в завоевании Малабарского побережья Индии. Долго просуществовала созданная португальцами в Индии колония Гоа (она была воссоединена с Индией только в 1961 г., а Португалия официально признала ее независимость лишь сейчас, после свержения фашистского режима). Д’Албукерки не дал проникнуть в Индию туркам-османам, два раза он обстреливал из своих пушек Аден. Под его командованием были завоеваны как Сокотра, так и Ормуз в Персидском заливе. Он заключил с эфиопами договор о помощи в борьбе против стран мусульманского мира, но это не помогло завоевателям: их удачи скоро прекратились.