В погребальной капелле в конце абсиды изображен Христос. Все фрески Пицундского храма и особенно «Положение во гроб» (на северной половине свода) очень интересны по своей технике и художественному исполнению.
По преданию, в Пицунде одновременно строился храм и водопровод. Зодчий Пицундского храма и строитель водопровода поспорили, кто скорее завершит работу. Проигравший должен был броситься вниз с крыши храма. Работа закипела. Водопровод уже был готов, и вода полилась из труб, а храм возведен только до барабана. Тогда зодчий бросился с крыши храма и разбился насмерть. Храм достроил его преемник. Место, где стоял зодчий, было отмечено небольшой выемкой.
Пицундский храм обнесен мощной стеной. Легенда рассказывает, что однажды, когда храму угрожала опасность, пицундский патриарх обратился к местным жителям с просьбой о помощи и жители выстроили крепостную стену. А камень и кирпичи они добывали на развалинах расположенного вблизи древнего города.
В XIV–XV веках генуэзские купцы основали в селе Лдзаа небольшую торговую факторию Санта-София (Святая София), а в центре Пицунды — факторию Пецондо. Название Санта-София сохранялось вплоть до XVI века.
О пребывании генуэзцев в Пицунде свидетельствует надпись 1429 года на латинском языке, которая, согласно источникам, была выгравирована на колоколе Пицундского храма (он пропал в период Крымской войны 1853–1856 годов).
В конце XIV века верховная власть пицундских католикосов распространилась на всю Западную Грузию. Западногрузинские цари и владетельные князья дарили им обширные поместья и крепостных крестьян. Как видно из одной дарственной грамоты, относящейся к 1740 году, число дворов, пожертвованных Пицунде, достигало 800, а число всех крестьян, приписанных к монастырю, четырех тысяч.
Гибель и разрушение принесло Пицунде турецкое иго. Многие ценности, в том числе и храмовые, были увезены турками. Удалось спасти лишь небольшую часть вещей, среди них знаменитую икону Пицундской богоматери, которая была перенесена в Гелатский монастырь близ Кутаиси[55]. Абхазским католикосам пришлось покинуть опустевший город и обосноваться в Гелатском монастыре. Однако, по словам французского путешественника Ж. Шардена, еще долго жил обычай, по которому каждый католикос в сопровождении многочисленной свиты должен был посетить Пицунду хотя бы раз в жизни для совершения там различных обрядов[56], хотя службы в храме не было. Это место считалось священным. Вожди племен давали у тысячелетнего дуба торжественную клятву перед началом каждого военного похода.