В июле — августе 2014 г. состоялось паломничество на Афон группы духовенства и военнослужащих, организованное Синодальным отделом Украинской Православной Церкви (Московского Патриархата) по взаимодействию с Вооруженными силами Украины. Возглавил паломничество председатель этого отдела митрополит Белоцерковский и Богуславский Августин. Паломники ставили перед собой задачу помолиться в афонских монастырях о прекращении кровопролития на Украине и за упокой души новопреставленного Предстоятеля Украинской Православной Церкви митрополита Владимира (Сабодана). Всего 9 августа 2014 г. память св. вмч. Пантелеймона в русский святогорский монастырь пришли почтить более 500 паломников. Таким образом, можно говорить о возрождении массового паломничества из России и других стран СНГ на Афон.
В 1999 г. в Руссике, в одном из зданий монастырской мельницы, рядом с церковью св. прор. Илии, в келлии, где когда-то подвизался схимонах Силуан (Антонов), был освящен новый храм в честь самого преподобного Силуана. В братской костнице после капитального ремонта в 2002 г. был устроен храм в честь Всех святых. В 2003 г. в монастыре возвели храм, посвященный св. прав. Еввуле, матери св. вмч. Пантелеймона, и свмч. Ермолаю. Этот храм был освящен в 2003 г. митрополитом Черновицким и Буковинским Онуфрием (Березовским).
В 2004 г. из руин был восстановлен Больничный корпус, освященный в 2007 г. митрополитом Смоленским и Калининградским Кириллом. В последующие годы монастырскую больницу оснастили специальным оборудованием, в ней создали медицинские кабинеты различного профиля и больничные палаты. В верхнем этаже Больничного корпуса был устроен храм в честь Всех святых Афонских.
Со временем в монастыре появились свои иконописцы: монахи Ефрем (Макаров), Варсонофий (Рылло) и послушник Димитрий. В 2004 г. они принимали участие в реставрации кладбищенской церкви, в дальнейшем написали много икон и картин, реставрировали росписи храмов Старого Руссика и т. д. Из других новых насельников обители особо следует упомянуть отца духовника братии иеромонаха Макария схимонаха Павла (Макиенко), скончавшегося на Афоне в 1999 г., а также известного ученого-радиофизика академика Олега Павловича Гудкова, принявшего постриг в мантию с именем Олимпий и почившего на Афоне в 2012 г.[727]
Постепенно начали возрождаться и скиты Свято-Пантелеимоновского монастыря — Новая Фиваида и Успения Пресвятой Богородицы (Ксилургу) и Старый (Нагорный) Руссик. В начале 1990-х гг. болгарский Зографский монастырь передал общине русских монахов, которую возглавлял известный старец Рафаил (бывший насельник Спасо-Преображенского Валаамского монастыря), Предтеченскую келлию (вблизи арсаны). В 1998 г. эта община численностью около 15 человек перешла в скит Новая Фиваида, пустовавший с начала 1980-х гг. Первоначально возрождение скита проходило с большими трудностями. В 2001 г. Кинот постановил выселить старца Рафаила за неимением вида на жительство, сначала он не ушел и спасался в небольшой келлии, однако в 2002 г. был вынужден вернуться в Россию. Братия осталась и продолжила нести иноческое послушание