Важным событием жизни Русской Православной Церкви конца XX — начала XXI в. стало прибытие для поклонения верующих различным афонским святыням. 25 октября 1995 г. в Москву был привезен список чудотворной Иверской иконы Божией Матери, созданный иконописцем Ксенофонтовского монастыря иеромонахом Лукой специально для восстановленной Иверской часовни у Воскресенских ворот Красной площади. В апреле — июне 1996 г. в Москве находилась принесенная из Руссика глава св. вмч. Пантелеймона, в июле — августе 2000 г. святыня побывала в Киеве, Санкт-Петербурге и Москве, что сочли знамением единства Русской земли, знаком того, что св. Пантелеймон Целитель молится за всю историческую Русь, не разделяя ее границами СНГ. До этого за многовековую историю честная глава св. вмч. Пантелеймона только один раз покидала пределы Афона, когда в начале XIX в. ее перемещали в пределы Молдовлахии для молитвенной помощи в борьбе против турок.
Пребывание мощей св. вмч. Пантелеймона в России и на Украине сопровождалось многочисленными исцелениями. В 2003 г. из Свято-Пантелеимоновского монастыря в города России, Украины и Белоруссии была принесена стопа св. ап. Андрея Первозванного. Меньше чем за месяц к святыне пришли 500 тысяч человек. Летом 2007 г. из Свято-Пантелеимоновского монастыря в Россию и на Украину временно доставили честную главу апостола и евангелиста Луки. С 20 октября по 23 ноября 2011 г. в Россию был принесен хранящийся в Ватопедском монастыре Пояс Пресвятой Богородицы[737], в конце 2013 г. в Россию, Белоруссию и на Украину — дары волхвов из афонского монастыря св. ап. Павла. В конце апреля 2014 г. в Афонскую церковь Воскресенского Новодевичьего монастыря Санкт-Петербурга была возвращена на историческое место связанная с Руссиком чтимая святыня — икона Божией Матери «Отрада и Утешение».
8–9 сентября 2005 г. Свято-Пантелеимоновский монастырь посетил Президент Российской Федерации Владимир Владимирович Путин. Тогда в обители проживали более 60 монахов (что было сопоставимо с количеством братии в других афонских монастырях), но большинство иноков являлось людьми преклонного возраста.
18 сентября 2005 г. в здании мэрии Москвы был основан Попечительский совет благотворительного фонда поддержки русских святынь на Святой Горе Афон. Сопредседателями совета были избраны Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, представитель Президента России в Центральном федеральном округе Г. С. Полтавченко (ныне губернатор Санкт-Петербурга) и мэр Москвы Ю. М. Лужков.
В июле 2007 г. с подписания протокола и программы мероприятий, направленных на обеспечение сохранности и упорядочение архивов и библиотеки Свято-Пантелеимоновского монастыря на 2007–2012 гг., началось сотрудничество между обителью и Главным архивным управлением Москвы. С этого времени на Афон стали совершаться регулярные выезды рабочей группы Главархива российской столицы, состоящей из нескольких архивистов, непосредственно занимающихся систематизацией и описанием документов, а также реставраторов и специалистов по наладке сканирующего оборудования. Весной 2012 г. монастырь посетила делегация правительства Москвы, возглавляемая начальником Главархива столицы В. А. Маныкиным. Осуществление этого проекта предотвратило гибель бесценного документального собрания и сохранило богатейшее русское духовное и историческое наследие. За несколько лет кропотливой работы был сформирован систематизированный архив с современным научно-справочным аппаратом, что позволило в дальнейшем активно использовать его документы в научных целях