Казалось бы, отлично налаженный быт больничного городка в девственном лесу Экваториальной Африки должен был наполнить душу Швейцера удовлетворением, однако его не покидала тревога за будущее. Мюнхенский договор европейских держав не гарантировал мир. В насильственном отделении обширных земель, принадлежавших Чехословакии, как и в предшествовавшей ему аннексии Австрии, Швейцер усматривал непосредственное начало насилия, которое в скором будущем, несомненно, ввергнет в огонь пожара весь мир. Неужели его больнице вновь уготована та же судьба, на которую ее однажды уже обрекла мировая война? Сможет ли Швейцер предотвратить это вместе с бесчисленными друзьями во всем мире?
Два года Швейцер провел в Африке. Но в январе 1939 года в волнении и тревоге уехал из Ламбарене. Сколько он пробудет в Европе — этого он и сам еще не знал. Он собирался сделать большие закупки разного рода материалов и переправить их в Африку. Пусть сделать это в современных условиях нелегко, Швейцер считал, что по нынешним временам для него нет ничего важнее этой задачи. Больше не будет ни лекций, ни концертов. Обеспечить больницу всем необходимым — вот что сейчас самое главное.
Прощание с сотрудниками, оставшимися в больнице, на этот раз в отличие от прежних времен было невеселым. Пожелав Швейцеру «счастливого возвращения», никто не мог при этом выдавить из себя улыбки.
12 января 1939 года Швейцер отплыл из Ламбарене. Еще находясь на корабле, который вез его во Францию, он с каждым днем все больше убеждался, сколь велика угроза войны. Опасения, донимавшие его в глухом девственном лесу, ныне переросли в трагическую уверенность. Мир снова был на грани катастрофы. В каждом порту, куда заходил корабль, стояли боевые суда. Речи, которые гремели из репродукторов, как и взволнованные разговоры пассажиров на палубе и в кают-компаниях, неизменно сводились к одной теме — неизбежности войны. Было ясно, что в этих условиях трудно рассчитывать на отдых в Европе, хотя Швейцер остро нуждался и в отдыхе, и в перемене климата. Сказывался возраст, а также многолетняя напряженная работа в жарком климате. В последнее время Швейцер часто ощущал приступы переутомления.
Забыв о собственном здоровье, Швейцер еще на корабле принял решение. В своих «Письмах из Ламбарене» он рассказывает: «Высадившись в Бордо, я решил отказаться от посещения Европы и через двенадцать дней с тем же самым пароходом вернуться в Африку. Те несколько дней, которыми я располагал в Эльзасе, я использую, чтобы заняться как делами больницы, так и моими собственными. Если действительно разразится война, то я должен быть на своем посту и среди всех трудностей, которые она за собой повлечет, руководить больничной работой»