21 августа 1965 года Швейцер внезапно почувствовал слабость и вынужден был немедленно лечь в постель. Но ему уже не суждено было подняться. Организм начал быстро сдавать. Спустя неделю он находился уже в бессознательном состоянии. 4 сентября 1965 года, в 23 часа 30 минут, Швейцера не стало.
Следуя неписаному закону тропиков, тело его спустя двенадцать часов предали земле. В полдень 5 сентября 1965 года, в воскресенье, друзья Альберта Швейцера проводили его в последний путь. Такими же простыми, как и вся жизнь Швейцера, были его похороны. Скорбь сотрудников больницы, большой толпы пациентов и их родственников, жителей окрестных деревень, прибывших на похороны, а также представителей правительства не сковывалась никаким траурным ритуалом, никакими внешними условностями. Скорбь была тихая и искренняя, как всегда, когда человечество несет тяжелую утрату.
Альберт Швейцер покоится рядом с женой в тени финиковой пальмы, в нескольких шагах от своего дома. Скромную могилу украшает простой деревянный крест, на котором начертаны даты его рождения и смерти.
Швейцер часто повторял, что африканская больница — не самое главное в его жизни; важнее для него мировоззрение, отношение к миру, в согласии с которым он жил и работал.
Этим объясняется огромное уважение, которым он пользовался при жизни и посмертно. Главное — не место, где он осуществлял свое призвание, а решимость помогать людям и неуклонное претворение ее в жизнь, а также мужество, умение выстоять вопреки трудностям и разочарованиям, самоотверженность, ставшая образцом «не лучшего, а единственного метода убеждения» для многих современников Швейцера в нашем веке. То же самое он мог бы сделать и в другом месте. Швейцер не раз сам подчеркивал это. И все же «случайное решение» Швейцера — отправиться в Ламбарене — могло быть продиктовано и эмоциональными мотивами. Помогать самым обездоленным из обездоленных во влажном и жарком климате африканского девственного леса, у экватора, вероятно, означало сделать «метод убеждения» еще действеннее. Сказался на этом решении также интерес к подобной работе в Африке, который еще в детстве пробудил у Швейцера отец. Кстати, Швейцер признавал и этот факт. Наконец, последним непосредственным побуждением к тому, чтобы отправиться именно в Африку, послужило этическое кредо Швейцера, его религиозность и чувство справедливости. Все это отразилось в гневной проповеди, которую он прочитал в бытность свою помощником пастора при церкви св. Николая в Страсбурге на утренней службе 6 января 1905 года. Кайзеровская Германия только что подавила восстание гереро в Юго-Западной Африке. Целый народ, десятки тысяч людей изгнали в пустыню, обрекли на верную смерть. В своей проповеди Швейцер сказал: «Когда насилие, зло и преступления творят на глазах у немецкого, американского или же английского бога и государства наши не считают своим долгом прежде всего сложить с себя название христианских, тогда имя Иисуса покрывают грехом и позором перед теми несчастными людьми, и христианство государств наших тоже покрыто грехом и позором перед теми несчастными людьми, и имя Иисуса проклятию уподоблено. Около 150 тысяч человек послали мы за два года к чернокожим, послали как воинов христианской германской империи... Когда же мы, христианская Германия, вышлем к ним туда 150 тысяч воинов — борцов за человечность и милосердие господа нашего Иисуса Христа?»