Вместе с тем некоторые проблемы, связанные с осуществлением его плана, оказались сложнее, чем он предполагал. Прежде всего поступление на медицинский факультет. Впоследствии Швейцер вспоминал: «Когда я пришел к профессору Фелингу, тогдашнему декану медицинского факультета, с просьбой зачислить меня студентом, мне показалось, что он охотно поручил бы меня заботам своего коллеги-психиатра».
Пришлось также решить и ряд вопросов юридического характера. Как приват-доцент и преподаватель Страсбургского университета, Швейцер не мог быть одновременно зачислен студентом того же учебного заведения. Вздумай он, однако, учиться на медицинском факультете экстерном, тогда по существующим правилам его впоследствии не имели права допустить к выпускным экзаменам. В конце концов академические инстанции все же пошли ему навстречу: если Швейцер продемонстрирует отличные успехи в занятиях на медицинском факультете, профессора в порядке исключения выдадут ему свидетельство на право держать выпускные экзамены. Правда, подобный вариант не слишком его устраивал.
Швейцер признавался: «Отныне и на много лет вперед началось мое единоборство с усталостью». До сей поры он всю жизнь занимался исключительно гуманитарными науками, теперь же он приступил к освоению естественных наук, поскольку это было необходимо для изучения медицины, но новые занятия радовали его. Тем не менее освоение новой области знания поначалу требовало от него больших усилий.
Решение Швейцера после 30 лет посвятить себя «непосредственному служению человеку» никак не повлияло на его прежние занятия, многолетнее изучение медицины стало для него, таким образом, своего рода переходным периодом. Вплоть до окончания работы о жизни Христа, которое пришлось на январь 1906 года, Швейцер оставался на посту директора фонда св. Фомы, поскольку нуждался в сохранении материальной базы. И только после завершения книги он отказался от директорского поста. Теперь у него снова нашлось время для органных концертов. Как органиста его особенно прославили концерты, которые устраивало Парижское общество любителей Баха.
Книги Швейцера издавались пока весьма скромными тиражами, что лишь незначительно облегчало его финансовое положение, зато гонорары от концертов, поскольку он теперь выступал довольно часто, более чем компенсировали отсутствие директорского жалованья. Концерты к тому же приносили огромное удовлетворение; признание общественности, чаще всего выливавшееся в восторженные формы, не могло не льстить даже такому человеку, как Швейцер, отнюдь не предрасположенному к тщеславию.