Диссертационная работа Швейцера насчитывала 46 страниц, однако он трудился над ней целый год и не раз уже готов был переменить тему. Впоследствии Швейцер так отзывался о своей диссертации: «В моих исследованиях жизни Иисуса я доказывал, что Иисус жил в представляющемся нам фантастическим мире идей позднееврейского ожидания конца света, за которым должно было последовать появление внеземного мессианского царства. За это меня упрекали, будто я изобразил Христа „мечтателем“, человеком, одержимым навязчивыми представлениями... Поэтому я должен был показать, что единственные признаки, заслуживающие рассмотрения с позиций психиатрии и притом, видимо, исторически правдоподобные, — высокая самооценка и, возможно, также галлюцинации при крещении — еще совершенно недостаточны, чтобы всерьез говорить о наличии душевного заболевания». Швейцер ссылался при этом на опубликованные работы врачей, высказывавших предположение, будто Иисус Христос страдал душевным расстройством.
Нетрудно представить себе реакцию ортодоксальных теологов на появление диссертации Швейцера по медицине. На их взгляд, греховным был уже сам выбор подобной темы.
Диссертация «Психиатрическая оценка личности Иисуса» в феврале 1913 года была одобрена медицинским факультетом Страсбургского университета. Отныне к своим прежним званиям — доктора философии и лиценциата богословия — Швейцер мог прибавить еще и звание доктора медицины.
Как только у Швейцера появилась уверенность, что ему удастся собрать средства, необходимые для создания небольшой больницы в Африке, он ускорил подготовку к отъезду. Решение его было бесповоротно: он начнет работать врачом при миссии на реке Огове во Французской Экваториальной Африке. Иного выхода у него не было: самостоятельно организовать больницу в джунглях он не мог, ни одна инстанция не дала бы ему разрешения на это — в колониях врачам дозволялось работать лишь под началом колониальных властей или же других официальных учреждений.
Швейцера ждали еще и другие трудности. Ведь Парижское миссионерское общество не изменило своего решения, вынесенного несколько лет назад: не принимать Швейцера на службу в качестве врача миссии в Экваториальной Африке. В сущности, Швейцера это решение устраивало: он предпочитал остаться независимым. Поэтому он предложил миссионерскому обществу, что бесплатно возьмет на себя медицинское обслуживание населения всего района реки Огове, находящегося в ведении миссии, и установит свою постоянную резиденцию в Ламбарене. Новый глава Парижского миссионерского общества был бесконечно рад возможности таким путем заполучить столь необходимого миссии врача.