В 1923 году, в Верхнем Шварцвальде, в городке Кенигсфельд, Швейцер построил дом для своей жены и ребенка. Он не хотел уезжать в Африку, пока дом не будет готов. Много времени провел он со строителями. Часто, засучив рукава, он и сам брался за работу. С неизменным рюкзаком на спине, он приезжал на велосипеде на строительную площадку, минуя французскую границу. В ту пору послевоенная Германия переживала период острейшей инфляции, и строители радовались куску мяса и даже хлеба куда больше, чем любому вознаграждению в обесцененных денежных знаках.
Второй отъезд в Африку был назначен на начало 1924 года.
14 февраля 1924 года Швейцер простился со своей семьей и страсбургскими друзьями. Начинался второй «исход» в Африку. На этот раз Швейцер уже не чувствовал себя «авантюристом милосердия». Разумеется, он не знал в точности, что осталось, да и осталось ли вообще что-нибудь от его больницы, но теперь он уже не ехал в неизвестность. За плечами у него был опыт, приобретенный в годы первого пребывания в Африке, и к тому же он располагал куда бóльшими средствами, нежели в 1913 году; наконец, в лице Эмми Мартин он обрел деятельную сотрудницу, организовавшую ему помощь и поддержку друзей во многих странах. Долгая и тяжелая разлука предстояла Швейцерам, но в дни предотъездных сборов в их доме дышалось свободно, чуть ли не радостно, и такими же были отношения между супругами, между отцом и дочерью; все ощущения безнадежности, все трудности, которые угнетали Швейцepa на протяжении одиннадцати лет, пролегших между первой и второй поездками в Африку, были забыты. Швейцер выбрал себе в спутники юношу — студента химического факультета Оксфордского университета Ноэля Гиллеспи. Мать юноши, восхищавшаяся деятельностью Швейцера, доверила ему своего сына, с тем чтобы в дороге и впоследствии в первые месяцы у доктора в Ламбарене был верный помощник. Швейцер не хотел сразу везти с собой в Африку медицинский персонал, он предпочитал сначала оглядеться на месте.
Перед самым отъездом, в промежутках между упаковкой чемоданов и ящиков, Швейцер закончил рассказ объемом в 64 страницы, который в том же году вышел отдельной книгой под названием «Из моего детства и юности». Он написал его по просьбе одного из своих друзей — известного швейцарского психоаналитика Оскара Пфистера. Когда весной 1923 года Швейцер был в Швейцарии и рассказал Пфистеру о своем детстве, тот застенографировал его рассказ, собираясь опубликовать его в молодежном журнале. Швейцер просил прислать ему стенограмму, чтобы дополнить ее. В разгар предотъездных сборов пришла бандероль от Пфистера. Расположившись среди наполовину упакованных ящиков, Швейцер завершил работу над рукописью. В последующие годы эта небольшая книга была переведена на множество языков и неоднократно издавалась большими тиражами.