События нарастали как снежный ком. Боярство разделилось. Одни ждали прихода самозванца, часть затаилась, выжидая, и только небольшая группка дворян пыталась организоваться для отпора. Василий Шуйский из ставки изменника в Серпухове слал во все города грамоты о предстоящем восшествии самозванца на престол. Бояре устроили в честь «царевича Дмитрия» пир. А напившись, выволокли из усыпальницы царей – Архангельского собора – гроб с телом Бориса Годунова и выставили останки на поругание. «И каменья в него метали, и начали ногами пхать тело его поверженное и на земле лежащее», – говорит летопись.
Прознав о том, 8 июня самозванец прислал в столицу предписание: уничтожить царскую семью – Фёдора Борисовича и его мать. Приказ сей привёз князь Василий Голицын. Он же привёл убийц к Фёдору и его матери. Фёдор сопротивлялся, как мог, но что мог сделать один подросток против нескольких вооружённых людей? Обоих – и Фёдора и его мать – удушили верёвками.
После расправы князь Голицын вышел к народу и объявил, что царская семья покончила с собой, приняв яд.
Гробы с телами убитых выставили рядом с дворцом на всеобщее обозрение, и тысячи москвичей увидели на шее убиенных следы удавок.
Дочери Бориса, Ксении, жизнь сохранили, но участь её была незавидной. В дальнейшем самозванец надругался над ней и держал при себе в царских покоях как наложницу. Потом, по настоянию Марины Мнишек, под именем Ольги она была сослана в Белозерский монастырь.
Князь Голицын, действуя по воле самозванца, лишил патриарха Иова сана и заточил его в Успенский монастырь в Старице.
На Москву надвигались грозные события, а москвичи радовались смене власти, надеясь на лучшую жизнь. Как они заблуждались! Отребье, выпущенное из тюрем, не боялось грабить, убивать и насиловать даже среди белого дня.
Под колокольный звон всех соборов московских 20 июня 1605 года Лжедмитрий торжественно вступил в Первопрестольную, сопровождаемый многими боярами и людьми знатными. Народ на улицах ликовал. Радостные крики и здравицы звучали громогласно в честь «царевича». Кремлёвскую стражу сразу разогнали, да и кого ей было охранять? Дворец разграблен, царская семья убита.
Самозванец занял престол в Тронном зале, вокруг толпились, выражая верноподданнические чувства, бояре. А под стенами дворца и на всех въездах в Кремль стояли поляки.
На следующий же день самозванец созвал Собор, на котором принудил архиепископов избрать патриархом архиепископа Рязанского Игнатия, киприота по рождению.
К чести Церкви, тела Бориса Годунова, его жены и сына Фёдора были монахами перевезены в церковную столицу – Троице-Сергиеву лавру, где и преданы земле рядом с храмом.