Однако же 17 мая, когда народ ещё громил поляков и грабил Кремль, из Китай-города, из столицы, в сопровождении двух поляков вышел Михайла Молчанов, один из убийц Фёдора Годунова. Он направился в Литву, распространяя по дороге слухи о том, что он и есть настоящий Дмитрий, а в Москве убили другого человека.
Слухи быстро долетели до Москвы. Во избежание сплетен и кривотолков Шуйский повелел доставить из Углича тело убиенного царевича Дмитрия, что и было исполнено.
Ещё тело убиенного самозванца не успело остыть, как уже появился другой самозванец, пока ещё не обладавший реальной силой.
Во время же штурма Кремля москвичами, тверцами и новгородцами князь Григорий Петрович Шаховской под шумок, пользуясь неразберихой, выкрал из дворца и унёс государственную печать.
Заняв престол, Шуйский за поддержку самозванца сослал Шаховского воеводой в Путивль, совершив непростительную ошибку. Новоявленный воевода тут же собрал жителей и объявил, что царевич Дмитрий жив. Путивльцы восстали против Шуйского. Их примеру последовали северные города, и в первую очередь Чернигов, где был воеводой князь Андрей Телятевский. Он не поддерживал Лжедмитрия, но решил примкнуть к Шаховскому. Юг страны начал охватывать новый бунт.
Но у бунтовщиков не было идейного вождя, своего рода символа, знамени.
Шаховской позвал из Сомбора Михайлу Молчанова, но тот убоялся и вместо себя послал Болотникова. Тот в свои молодые годы был холопом Телятевского, был взят в плен татарами, продан в рабство на галеры, бежал, пробирался с европейского юга через Польшу домой.
Шаховской принял его, обласкал, дал войско. Он же кинул клич, и под знамёна Болотникова пошёл разный сброд: воры, грабители, беглые холопы, к которым примкнули стрельцы и козаки. Начались грабежи, разбои, поджоги дворянских усадеб. Россия, не успев оправиться от одной усобицы, вступала в полосу другой. Казна была пуста, войско в разброде.
Андрей был рад, что самозванца свергли, и даже горд, что именно он убил Лжедмитрия. Но он вовсе не способствовал, не хотел, чтобы к власти пришёл Шуйский. Маленький, пожилой, умный и очень скупой, любивший, ко всему прочему, доносчиков, он был полон противоречий и не пользовался большой поддержкой народа и бояр. Если Москва его приняла, то только потому, что он был меньшим злом, чем самозванец; и то многие города российские были против. И не столько против самого князя, сколько против выборов. Шуйского выкрикнули на площади, а не избрали выборщики от всех земель, как это было принято на Руси. При Шуйском патриархом был Гермоген, бывший митрополит Казанский. С твёрдым характером, жёстким нравом, неумеренной страстью, он не отличал истинного от ложного. Этой его слабостью и воспользовались враги Шуйского – они наговаривали на царя, стараясь поссорить его с митрополитом. Особенно преуспели бояре: Михаил Глебович Салтыков, позднее сосланный в Иван-город, князь Рубец-Мосальский, сосланный воеводой в Корелу, Богдан Бельский, отправленный в Казань. У них отняли поместья.