Срочная служба сначала проходила в учебном подразделении инженерных войск в городе Волжском, где он учился на механика-водителя инженерного подводного разведчика (Изделие-78), затем в Сибирском военном округе, в гарнизоне Шилово под Новосибирском (Ленинградско-Павловская дивизия, которой командовал будущий Главнокомандующий Сухопутных войск России генерал Кормильцев).
В 1985 г. И. Ждаркин поступил в Военный институт иностранных языков (ВИИЯ) на ускоренные (годичные) курсы португальского языка, и в 1986 году, в звании младшего лейтенанта, был направлен в служебную командировку в Анголу.
Командировка в Анголу пришлась как раз на период ожесточённых боёв с антиправительственной группировкой УНИТА и войсками ЮАР, вторгшимися на территорию Анголы. По свидетельству историков и очевидцев, это был один из самых кровавых периодов послеколониальной истории Анголы. Как напоминание о том времени — медаль «За боевые заслуги», а также кубинская медаль «За оборону Куито-Куанавале», которой в бывшем Советском Союзе было награждено всего около 90 человек — непосредственных участников тех событий (из них 15 человек — выпускники Военного института иностранных языков).
Затем была командировка в Мозамбик (1990–1991) и служба в качестве старшего авиационного переводчика в 93-м отдельном вертолётном отряде специального назначения. За девять месяцев И. Ждаркин налетал в качестве бортового переводчика более 200 часов, побывав в 8 провинциях (из 10) этой страны. Вертолёты, перевозившие продовольствие, одежду и военные грузы в малодоступные районы, часто подвергались обстрелам со стороны бандформирований группировки RENAMO (Мозамбикское Национальное Сопротивление), хотя на вертолётах большими буквами было написано «Аэрофлот», и наши пилоты также носили форму гражданских лётчиков.
В 1993 г., после окончания Военного института иностранных языков И. Ждаркин прослужил около года старшим преподавателем английского языка в Московском суворовском военном училище и был переведён к новому месту службы, в Военный институт, на кафедру английского языка. Кроме преподавания, он также постоянно привлекался для работы с иностранными военными делегациями. До 1995 г. обеспечивал визиты зарубежных высокопоставленных военачальников, среди которых были командующий Воздушно-десантными войсками Великобритании, командующий Военно-морскими силами Великобритании, начальник Института технологии ВВС США, заместитель министра обороны Великобритании по финансам, заместитель министра обороны Ботсваны и другие. Российские делегации возглавляли Главнокомандующий ВДВ РФ генерал Е. Подколзин, Главнокомандующие ВМФ, начальник Академии имени Жуковского генерал В. Ковалёнок (лётчик-космонавт СССР, дважды Герой Советского Союза), начальник Центра подготовки космонавтов генерал П. Климук (лётчик-космонавт СССР, дважды Герой Советского Союза) и другие высокопоставленные военные руководители России.