Историческое прошлое Афганистана уходит в глубь веков. Ряд северных и южных районов страны были обжиты еще в каменном веке, а в эпоху бронзы они уже входили в сферу оседлых земледельческих культур. И пожалуй, нелегко найти на Азиатском континенте культуру, которая не оставила бы свой след на афганской земле. Древняя Бактрия, эллинизм, буддизм, ислам в различные эпохи вместе с караванами купцов и миссионеров, а подчас и на мечах завоевателей встречались здесь, на перекрестке Азии, и, смешиваясь с местными традициями, давали удивительные образцы таких великолепных достижений синтеза цивилизаций Востока и Запада, как, например, греко-бактрийские и греко-буддийские культуры. В различные времена районы Афганистана входили в состав империи Ахеменидов (основатель которой Кир, как утверждает традиция, был уроженцем Балха), эфемерной империи Александра Македонского, государства Кушанидов, Арабского халифата, государств Газневидов, Гуридов, Тимуридов, Великих Моголов и т. д.
Предметом особой гордости музея является уникальная коллекция древних монет. Здесь полностью экспонируется обнаруженный в 1946 г. в северных районах страны знаменитый Кундузский клад, где среди сотен греко-бактрийских монет есть редчайшие, отчеканенные и древней Бактрии, а также множество образцов, до сих пор остающихся для ученых загадкой.
В 1963 г. в Кабульском музее была открыта новая экспозиция: в этнографическом зале собрана прекрасная коллекция национальной одежды, предметов быта и домашней утвари населения всех районов страны (более 20 народностей), в том числе редчайшие образцы из старого Кафиристана (Нуристан). Этническая пестрота населения Афганистана также тесно связана с его географическим положением: ведь через территорию страны в различные времена двигались многие народы и племена, и история ее населения тесно переплетается с историей многих государств и соседних народов.
Археологическое изучение Афганистана началось только с середины 20-х годов нашего столетия, и многие страницы истории страны долгое время оставались для исследователей «белыми пятнами». Но уже в 1922 г., через несколько лет после восстановления независимости, французскому правительству удалось получить концессию на проведение в Афганистане археологических изысканий. В течение долгих лет их вел известный археолог проф. А. Фуше, исследования которого в Бамиане, в районе Кабула и Балха пролили свет на многие страницы древней истории страны. Франко-афганская археологическая миссия (ДАФА) работает в стране и по сей день, сделав немало интересных открытий.