Новая страница в его истории началась после ослабления Арабского халифата, во время бухарской династи Саманидов. Тогда город достиг своего нового расцвета, став важнейшим торговым и культурным центром, где жили многие знаменитости средневекового Востока, в том числе Дакики — автор первой версии «Шахнаме», тысячу стихов которого впоследствии Фирдоуси включил в свою знаменитую «Книгу царей».
К концу X в., когда власть Саманидов клонилась к закату, известность Балха достигла своего апогея и он был постоянным объектом паломничества географов, историков и путешественников. Но в XIII в. слава города стала ослабевать, а монгольское нашествие 1220 г. на долгие годы превратило его в руины. Но совсем уничтожить этот огромный город было невозможно, и XV в. он вновь восстанавливает былую славу важного торгового и культурного центра. Переходя из рук в руки, Балх пережил расцвет и закат многих династий. В 1737 г. он был присоединен к персидскому государству Надира Афшара. Позднее он становится ареной спора афганских эмиров и бухарских ханов, а после того, как границы их владений были определены по Амударье, Балх перешел в сферу влияния афганского эмира.
Но городу уже трудно было восстановить свое былое величие, что объяснялось и частыми эпидемиями малярии и холеры. В 1824 г. англичанин Нуркрофт писал о Балхе: «Мы ехали через нагромождение развалин и нашли, что базар длиной в 600 футов был единственным обитаемым районом этой когда-то великой столицы», а его соотечественник Александр Бернс восемью годами позже сообщил своему правительству, что развалины Балха тянутся более чем на 20 миль.
До середины прошлого века Балх оставался административным центром этого района, а торгово-экономическим центром все больше становился Мазари-Шариф. В 1866 г., после эпидемии холеры, резиденция губернатора была окончательно перенесена в Мазари-Шариф, Балх же превратился в маленький провинциальный городок с несколькими сотнями домов.
Сегодняшний Балх, как и многие афганские города меняет свой традиционный облик. Проводятся мероприятия по модернизации города, расширены его улицы площади. В центре, у мечети Ходжа Абдул Наср Пар, одного из немногих образцов исламской архитектуры XV–XVI вв., разбит пышный сад, насажены абрикосовые и вишневые деревья. Мечеть Ходжа Парса когда была отделана богатыми изразцами, сейчас лишь в нескольких местах заметны остатки зеленоватого кафеля, давшего когда-то ей второе название — Зеленая мечеть. Рядом с мечетью захоронена Рабийя Балхи — первая национальная поэтесса. Вокруг ее имени, стихов и трагической истории века сложили немало легенд. Полюбив тюркского раба из балхской гвардии, красавица Рабийя, принадлежавшая к знатному балхскому роду, нарушила планы родителей, за что поплатилась жизнью.