Приказ еще не отдан, но в "сферах" уже шепчутся, прикидывают, торгуются, кого определить в Киев, на пироговское место. А Пирогов осенью 1859 года открывает на Подоле в Киеве первую воскресную школу. Он докладывает министру просвещения: студенты "в видах человеколюбия" пожелали в свободные дни бесплатно обучать "рабочего класса людей". Вроде бы спрашивал разрешения, но докладывал, когда школа уже открылась.
С первого же дня классы школы битком набиты: учиться шли взрослые и дети. Преподавали не только студенты — педагоги, университетские профессора, литераторы, офицеры. Пирогов радостно писал: "Учителя одушевлены рвением учить, ученики — охотою учиться".
Идея Пирогова стремительно рванулась вширь. Воскресные школы росли по России, как грибы. В Петербурге и Москве, в Саратове и Пскове, даже в далеком Троиц-косавске Кяхтинского градоначальства — на самой китайской границе. За год в тридцати городах открылось шестьдесят восемь воскресных школ. За три года — триста.
Киевский генерал-губернатор требовал "установить строгий надзор за воскресными школами, чтобы обучение в них соответствовало желаниям и видам правительства". Жандармы доносили, что иные из учителей используют уроки для политической агитации, что пироговская затея способствует революционному делу. Князь Васильчиков, киевский генерал-губернатор, в докладах на высочайшее имя срывался в крик: "Либо я, либо Пирогов".
Пирогов в своем порыжевшем балахоне ездит по округу, неказистый экипаж его хоть и прочен, но вроде бы не скор, а он неведомо как появляется то в одном городе, то почти тут же в другом, в местечках и селах, отделенных одно от другого десятками верст, всякий день Пирогов успевает наработать на год — в Петербурге на его докладах пишут: "Отложить до назначения нового попечителя".
Петербургские покровители ("Невыгодно, ваше величество, неудобно Пирогова увольнять!") пытаются помирить его с царем. Повод для свидания оказался не лучший — но что поделаешь, другого не нашлось! — совещание попечителей учебных округов, созванное в целях предотвращения студенческих волнений. Как они могли помириться, когда Пирогов добивался свобод для молодежи, а царь рассчитывал на полицию! Покровители просили Пирогова во время аудиенции если и не соглашаться, то хотя бы не спорить, всего лучше молчать, главное же — благодарить. Царь принимал его вместе с попечителем Харьковского учебного округа Зиновьевым.
Из письма Пирогова: "Представлялся государю и великому князю. Государь позвал еще и Зиновьева и толковал с нами целых >3