Джон Арчибальд решил внести свой вклад в военный проект, когда США 8 декабря 1941 года, на следующий день после атаки на Перл-Харбор, объявили войну Японии. Физики на время приостановили академические исследования и разъехались по стране, чтобы применить свои профессиональные навыки в Фанерном дворце Массачусетского технологического института и в лабораториях ядерных исследований в Лос-Аламосе, штат Нью-Мексико, и в Оук-Ридже, штат Теннесси. В начале 1942 года Уилер работал в Чикаго, затем он перебрался в штат Делавэр, а в 1944-м уже трудился над созданием и запуском гигантских плутониевых реакторов, которые должны были обеспечить США атомной бомбой для победы над Германией, в Хэнфорде, штат Вашингтон. Через несколько недель после запуска реакторов Уилер узнал, что его младший брат Джо, воевавший в Европе, пропал без вести. Это трагическое обстоятельство еще более укрепило Уилера в мысли о том, что США необходимо срочно разработать ядерное оружие. Он пишет: “Тело Джо, разложившееся до костей, нашли в апреле 1946 года. Восемнадцать месяцев оно пролежало рядом с телом его однополчанина в окопе на холме, где оба были убиты”. Когда его спрашивают, что он думает об использовании атомного оружия, Уилер отвечает так, как написал в своей автобиографии: “Нельзя забывать о том, что если бы программа по созданию атомной бомбы началась на год раньше и годом ранее завершилась, были бы спасены 15 миллионов жизней, и жизнь моего брата Джо в том числе”.
В 1950 году Уилер – по соображениям национальной безопасности, в связи с эскалацией холодной войны – присоединился к работе по созданию водородной бомбы. Многие друзья и коллеги ученого не соглашались с подобными доводами и осуждали его за участие в этом проекте. Раздоры огорчали Уилера, но он стоял на своем. Даже Оппенгеймер поначалу выступал против программы по созданию водородной бомбы – оружия потенциально неограниченной мощности. (Позже, правда, он все-таки работал в этом проекте.) Хотя Джон Уилер (в отличие от Эдварда Теллера[11]) не свидетельствовал против Оппенгеймера на слушании 1954 года по допуску последнего к секретным исследованиям, он не был полностью не согласен со свидетельскими показаниями и принятым в итоге решением. Я специально формулирую вот так вот аккуратно, используя замысловатую конструкцию с двойным отрицанием, поскольку считаю себя не вправе более четко описать отношение Уилера к тому процессу над Оппенгеймером. Но Кип, лично разговаривавший об этом с Уилером, сказал, что я могла бы выразиться проще: “Уилер был согласен”.