В старом здании университета отделение, затиснутое в несколько маленьких комнат, просто физически не имело возможности развернуться. Все с нетерпением ждали, когда будет достроен высотный дом на Ленинских горах, куда физфак должен был переехать одним из первых. Здесь Шмидт собирался прочесть курс лекций по космогонии.
В сентябре 1953 года лекцией Шмидта открылись занятия на физическом факультете в новом здании МГУ. Но прочитать весь задуманный курс Шмидту не удалось: через несколько месяцев болезнь свалила его с ног — на этот раз окончательно.
Собственно, болезнь начала новую атаку еще осенью. И надо было при первых признаках лечь в больницу или отправиться в санаторий, а он все тянул и тянул: очень не хотелось прерывать курс лекций. И вот стало совсем плохо. «После многократных легочных кровотечений, начавшихся в декабре 1953 г., — вспоминает Козловская, — Отто Юльевич неделями должен был лежать на правом боку, туго прижав к груди правую руку, стараясь не шелохнуться, так как при перемене положения вновь поднималось обильное кровотечение, а с этой кровью каждый час могла уйти его жизнь. Отто Юльевич понимал все это. И таких было восемь недель…»
Смерть и на этот раз миновала Шмидта. Но попытки врачей снова поднять его с постели оказались безрезультатными.
Шло время, и с каждым днем все короче становилось его будущее. Он с грустью убеждался, что многие из прежних его любимых дел навсегда стали уже недоступны. В конце 1954 года Шмидт писал ректору МГУ И. Г. Петровскому: «Прошел год с тех пор, когда я читал свои лекции в Московском университете. Весь год я пролежал, скованный болезнью (туберкулез легких и горла), лежу и сейчас. Пора сделать необходимый вывод: уже ясно, что мне никогда не читать лекций… При таких условиях я не могу руководить порученным мне делом… Пора отказаться от иллюзий. Интересы дела требуют замены меня другим работником. Этого же требует моя честь и совесть».
Но и тех должностей, которые остались за ним, вполне хватило бы для здорового, полного сил человека. Он по-прежнему руководил отделом эволюции Земли, он — главный редактор двух журналов «Известия АН СССР, серия геофизическая» и «Природа».
И ни одну из этих работ он не выполняет формально. На всех он — не свадебный генерал, осеняющий своим громким именем чужие деяния. Смертельно больной, уже прикованный навсегда к постели, он постоянно работает. Все планы отдела согласовываются с ним, все работы сотрудников он читает, дает замечания и советы.
На его столе горы журнальных версток. Каждый номер прочитывается от первой до последней буквы. Даже ответы на читательские письма он просматривает и, если бывает недоволен, пишет на полях, как следует ответить.