С военной точки зрения, немецкое военное командование понимало, что имеющимися в наличии силами удержание Северной Прибалтики – невыполнимая задача. Поэтому генералитет требовал немедленной эвакуации. В противном случае были бы потеряны не только базы и материалы для промышленности, но и все размещенные в регионе военные силы. Более того, всей ГА «Север» угрожало уничтожение. Дивизии, высвобожденные отходом за реку Двину, должны были поддержать ГА «Центр» ударом с севера во фланг наступающих советских войск. Это главное решение оставалось единственным путем для спасения обеих групп армий. Командующий люфтваффе рейхсмаршал Геринг поддерживал мнение сухопутных генералов и умолял Гитлера об отходе за Двину.
Удивительно, но морские соображения Гитлера встретили скептическое отношение со стороны командования флота. В рапорте капитана Асмана, главы морского отдела оперативного штаба вермахта, аргументы Гитлера были трезво проанализированы и в конце концов опровергнуты. Он счел, что негативные последствия эвакуации Эстонии преувеличены Гитлером. Кроме того, капитан оценил угрозу действий советского флота как незначительную. Также Асман поддержал точку зрения Хойзингера, начальника оперативного отдела Генерального штаба сухопутных сил, что Восточная Пруссия не может быть защищена без войск ГА «Север», и охарактеризовал отход за Двину как меньшее зло. Он добавил, что если ГА «Север» будет окружена, то едва ли ее можно будет снабжать длительное время. Заключение рапорта Асмана было следующим: удержание Данцигской бухты более важно, чем утрата контроля над побережьем Прибалтики.
Авторы труда «Германия во ВМВ» критикуют точку зрения, что командующий кригсмарине адмирал Дениц просил Гитлера удержать «Балтийскую крепость» любой ценой. 9 июля в штаб-квартире Гитлера состоялась конференция, имевшая важнейшее значение для дальнейшей судьбы советско-германского фронта, в которой приняли участие также командующие ГА «Север» и «Центр». Дениц сообщил, что, с точки зрения флота, утеря Прибалтики окажет сильное негативное влияние. Поэтому Гитлер склонился к точке зрения флота, приказав ГА «Север» оставаться в Эстонии. Важно отметить, что в ходе конференции было вновь запрошено мнение Деница, в этот момент оно стало противоположным. Он теперь склонился к мнению сухопутных командующих, считавших, что удержание Эстонии не будет иметь ценности в случае прорыва советских войск южнее к Литве или побережью Восточной Пруссии. Установив здесь авиационные базы, советская авиация сможет контролировать Балтийское море отсюда. Дениц заключил, что всем требованиям, включая оставление Эстонии, нужно подчиниться в целях избежания русского прорыва к Балтийскому морю. Таким образом, адмирал последовал настойчивым советам офицеров своего штаба, которые с конца июня выступали за отход ГА «Север» из Прибалтики. По их мнению, группа армий «должна уйти из клещей, прежде чем они сомкнутся» или ее ждет судьба ГА «Центр». Тем не менее в ходе дальнейших событий войны Дениц временно сблизился с точкой зрения Гитлера (5, s. 626).