Однако понадобилось больше двадцати лет, прежде чем флот снова приобрел качества, утерянные за время «неосмотрения». Не так-то просто было и восстановить прежнюю мощь флота, и обеспечить его квалифицированными моряками. Это удалось только в начале шестидесятых годов, когда флот, приобретя опыт практических плаваний, главным образом из Архангельска, где строились корабли, вокруг Скандинавии на Балтику, получил до шестидесяти новых судов, построенных на отечественных верфях, и несколько выпусков молодых офицеров, обученных в Морском корпусе. Все эти годы Спиридов провел в самой гуще важнейших событий флотской жизни. В течение двадцати лет пересчитал он все ступени флотской карьеры — от лейтенанта до контр-адмирала, от командира небольшого боевого судна до флагмана, которому подчинялись все корабли Ревельской и Кронштадтской эскадр. Будучи лейтенантом, он не раз участвовал под командованием своего первого наставника Бредаля в боевых действиях на Балтийском море и в плаваниях из Белого моря в Кронштадт; некоторое время служил под начальством ученого мореплавателя Алексея Ильича Чирикова в Московской конторе адмиралтейских дел; став капитан-лейтенантом, заготовлял в Казани по поручению Адмиралтейств-коллегии лес для строительства кораблей; произведенный в капитаны 3 ранга, командовал 66-пушечным фрегатом Кронштадтской эскадры; в чине капитана 2 ранга был старшим офицером на корабле «Астрахань», который плавал под флагом адмирала Мишукова, командовавшего Балтийским флотом; получив звание капитана 1 ранга, командовал 84-пушечным кораблем «Св. Николай», опять-таки «по желанию адмирала Мишукова, который имеет быть во флоте главным командиром», как подчеркнула в своем постановлении Адмиралтейств-коллегия; был командиром линейного корабля «Св. Дмитрий Ростовский»; управлял Кронштадтской конторой адмиралтейских дел; командовал линейным кораблем «Св. Андрей Первозванный», флагманским судном Балтийского флота, затем возглавлял управление Кронштадтским и Ревельским портами.
Причем это была одна сторона флотской деятельности Спиридова, снискавшей ему известность, авторитет и популярность. Моряки — от флагманов, командовавших эскадрами и флотом, до рядовых матросов на кораблях, непосредственно подчиненных Спиридову, — знали его в первую очередь как искусного мореплавателя, весьма сведущего в деле кораблевождения, как смелого командира, неутомимого воспитателя, верного лучшим флотским традициям, как новатора, избравшего путь флотоводца и умевшего критически осмысливать буквально все, что представляло собой военно-морское искусство.