Больше того, Орлов не захотел (вернее, не сумел) до конца использовать благоприятную обстановку в Архипелаге и своевременно организовать эффективную блокаду турецких проливов, опираясь на островные базы, что предлагал Спиридов, оценивший их стратегическое значение. Доложив, правда, Екатерине план адмирала и получив от нее указания закрепиться на островах Архипелага, самонадеянный фаворит, упоенный властью, продолжал поступать все-таки по-своему: разменивал силы объединенной эскадры на мелкие, хотя и успешные, на частные, хотя и тревожившие противника, вылазки с десантными отрядами в самые различные пункты обширного театра (вплоть до устья Нила). Это дало возможность неприятелю прийти в себя после катастрофы у Чесмы, растянуло на три лишних года войну на морских коммуникациях и надолго продлило вообще борьбу за Черное море.
Вот что понудило Спиридова преждевременно уйти в отставку, несмотря на то что война еще далеко не была закончена. Не столько плохое здоровье и преклонный возраст, сколько обида, нанесенная никем иным, как «матушкой-государыней», нежелание подчиняться до бесконечности своеволию всесильного фаворита, получившего титул, на который по праву мог рассчитывать Спиридов, а пуще всего несогласие с тактикой использования объединенной эскадры владели адмиралом, когда он, возвратясь на флагманский корабль после очередного свидания с Орловым, находившимся на корабле «Чесма» на стоянке у острова Пароса, 5 июня 1773 года продиктовал писарю «всеподданнейшее прошение» на имя Екатерины:
«...Вашего императорского величества в корабельный флот, я из российских дворян всеподданнейший раб вступил в 1723 году и был при флоте на море пять кампаний для морской практики, и в те же годы на берегу обучался навигацким наукам; а выучась, в 1728 году в феврале месяце написан в гардемарины и послан в Астрахань на Каспийское море; и от того время продолжал мою службу на Каспийском, Балтийском, Азовском, Северном, Атлантическом и Средиземном морях; и ныне продолжаю в Архипелажском море; быв прежде под командами и сам командиром, а потом флагманом, командуя эскадрами и флотом вашего императорского величества, в мирные и военные времена, и неоднократно на берегу и на море в действительных военных действиях; также имел счастье быть в присутствиях в Адмиралтейской коллегии и нужных комиссиях; был же и главным командиром в ревельском и кронштадтском портах; а ныне мне от роду 63-й год.
От молодых моих лет и поныне по усердной моей рабской должности и ревности понесенные мною многие труды, а к старости и здешний климат архипелажский изнурили мое здоровье даже до того, что я, желая еще службу продолжать, ласкал себя ливорнским климатом, куда, во время с турками перемирия, от его светлости высокоуполномоченного генерала и кавалера графа Алексея Григорьевича Орлова был и отпущен, что не могу ли тамо поправиться, и казалось в Ливорне здоровье мое поправилось, то ко исполнению должности в то же еще с турками перемирие паки возвратился обратно ко флоту в Архипелаг, где и поныне нахожусь.