Шемяка потерпел поражение и бежал в Новгород, где новгородцы дали ему приют. Галич со своей волостью был вновь присоединен к Москве.
Шемяка продолжал бороться против Василия, взял Устюг, но молодой великий князь Иван Васильевич выгнал его оттуда. Шемяка опять бежал в Новгород.
Митрополит Иона объявил Шемяку отлученным от церкви, запретил есть и пить с ним и обвинил новгородцев в том, что они приняли его к себе.
Но ничто не помогало, новгородцы не думали расставаться с Шемякой, и тот продолжал свою враждебную деятельность против Москвы.
Вот тогда-то в Москве решили убить Шемяку, и одним из инициаторов его убийства выступил будущий государь Иван III. Сложно сказать, насколько это правда, но, по некоторым сведениям, молодой князь сам отправился в Великий Новгород.
Там он сошелся с когда-то обиженным Шемякой и с тех пор ненавидевшего его лютой ненавистью с дьяком Степаном Бородатым.
Прощупав почву и убедившись, что Степан именно тот человек, который ему нужен, Иван откровенно рассказал ему о цели своего приезда. Обрадованный возможностью не только отомстить своему врагу, но и стать помощником в столь деликатном деле будущему правителю Московского княжества, дъяк сразу же согласился.
Теперь оставалось только найти исполнителя. При посредничестве тоже недовольного Шемякой и близкого к нему боярина Ивана Котова заговорщикам удалось подкупить (или запугать) его повара положить ему яд в куриный суп.
Тот подложил, и в 1453 году Шемяка умер от отравления. Его союзник князь Иван Андреевич Можайский, не дожидаясь прибытия московского войска, бежал в Литву. Так было покончено с главным врагом московских великих князей.
Исполненный чувством радости от исполненного долга Иван вернулся домой, и уже тогда многим стало ясно, что будущий великий князь не остановится ни перед чем в достижении своих целей.
И далеко не случайно известный российский историк Костомаров писал о нем: «Это был человек крутого нрава, холодный, рассудительный, с черствым сердцем, властолюбивый, непреклонный в преследовании избранной цели, скрытный, чрезвычайно осторожный; во всех его действиях видна постепенность, даже медлительность; он не отличался ни отвагою, ни храбростью, зато умел превосходно пользоваться обстоятельствами; он никогда не увлекался, зато поступал решительно, когда видел, что дело созрело до того, что успех несомненен.
Забирание земель и возможно прочное присоединение их к московскому государству было заветною целью его политической деятельности; следуя в этом деле за своими прародителями, он превзошел всех их и оставил пример подражания потомкам на долгие времена.