Движение ЭТА было создано в 1959 году как движение сопротивления диктатуре генерала Франко несколькими молодыми членами Баскской националистической партии (БНП), которые были неудовлетворены отказом БНП от вооруженной борьбы.
Идеологом баскского национализма явился Сабино Арана (1865–1903 годы), который еще в XIX веке заявлял, что Испания превратила Страну басков в свою колонию, и требовал полной независимости баскских земель через создание конфедерации четырех испанских (Бискайя, Гипускоа, Алава и Наварра) и трех французских регионов (Суль, Лабур и Нижняя Наварра), населенных басками. ЭТА использовала идеологию «отца басков» Сабино Араны, который называл «баскскую расу» самой древней и чистой в Европе, а мигрантов, рожденных на баскских землях – «человекоподобными существами».
Период организационного оформления ЭТА был завершен на состоявшемся в 1962 году съезде баскских левых националистов. Основной целью организации было провозглашено создание независимого государства басков – Эускади.
С начала 1960-х годов члены ЭТА приступили к практике покушений на чиновников и жандармов, а также начали осуществлять взрывы полицейских участков, казарм и железнодорожных путей. Первоначально баскских радикалов не называли террористами – они, конечно, использовали террор, но боролись с другими режимами, то есть, как бы преследовали благородную цель. В 1960-е годы власти Испании отказывались от официальных переговоров с ЭТА, и в то же время, по данным СМИ, стороны поддерживали неофициальные контакты. В конце 1960-х годов ЭТА пошла по пути «революционного» террора – с тех пор от ее рук погибло более 850 человек.
Франко умер в 1975 году, Страна басков получила в 1978 году широчайшую автономию и сегодня пользуется правами, которых не имеет ни один другой регион страны. После смерти Франко в ЭТА возобладала националистическая идеология. ЭТА продолжала действовать, через четыре года впервые в своей истории убив левого политика, социалиста Германа Гонсалеса. Убийство серьезно подпортило реноме ЭТА в среде левых организаций всего мира.
В январе 1988 года ЭТА объявила одностороннее перемирие в ответ на подписание общенациональными и региональными партиями Испании пакта, призывающего к переговорам с басками. Тем не менее переговоры, состоявшиеся в январе 1989 года в Алжире, никаких результатов не принесли.
16 сентября 1998 года ЭТА объявила о полном и бессрочном прекращении террористической деятельности. В ответ власти освободили ряд активистов ЭТА, но через 14 месяцев сепаратисты вышли из перемирия – по некоторым предположениям, в связи с усилением радикального крыла в руководстве организации.