Текущие программы работы КА, каждая продолжительностью от нескольких недель до двух-трех суток, готовились на Земле и загружались на борт для исполнения в оперативном режиме. Загрузка программы занимала около 90 минут, не включая время ожидания «квитанции» борта о ее приеме.
Программы этапа полета «Вояджера-2» от Сатурна к Урану были пронумерованы начиная с B601. Например, программа B602 охватывала время с 26 октября по 23 ноября 1981 г. и предусматривала «малый научный маневр» 29 октября и калибровку УФ-спектрометра UVS и фотополяриметра PPS 2–5 ноября. Маневр включал два последовательных разворота КА – сначала на 1440° по рысканью, затем на 1440° по крену, то есть по четыре кувырка в каждом направлении. Записанные научные данные были переданы на Землю на следующие сутки. При калибровке приборов опорными звездами были Вега и Канопус, а сканирующая платформа последовательно наводила приборы на Вегу, Сириус, Регул и звезду δ Скорпиона.
Следует отметить, что астрономические наблюдения с использованием UVS велись регулярно в течение всех четырех с половиной лет полета к Урану. За это время были открыты два новых белых карлика, наблюдались катаклизмические переменные и цефеиды, изучалось распределение звезд по энергиям в диапазоне длин волн от 91,2 нм до видимого спектра.
В 1982 г. активность аппарата была минимальна. «Вояджер-2» выполнял программы с B603 по B607. 13 апреля был проведен «большой научный маневр» CRSMVR – 10 оборотов по рысканью и 25 по крену, а 20 октября – «малый». Кроме того, 20 сентября узкоугольной телекамерой в составе съемочной системы ISS проводилась пробная съемка Урана и Нептуна.
29 апреля состоялся тест механизма фильтров фотополяриметра в ходе наблюдений δ Скорпиона. Ученые надеялись, что воздействие энергичных электронов за время полета могло улучшить его поведение, однако проба показала, что доступным остался все тот же неполный набор фильтров.
В июне на «Вояджере-2» проводились эксперименты, направленные на повышение скорости передачи информации от Урана. Инженеры и программисты создали новый вариант программы для системы полетных данных FDS, позволяющий использовать улучшенное кодирование служебной телеметрии и данных научной аппаратуры по Риду – Соломону. Программа с обозначением 1901 (19 – номер программы, 01 – номер версии) была впервые загружена 7 июня в процессор FDS-A и опробована 9 и 10 июня, каждый день в течение получаса. 15 июня ее загрузили в процессор FDS-B и протестировали 16 июня (полчаса) и 17 июня (5 ч 40 мин).
Еще одна серия испытаний с кодированием по Риду – Соломону проводилась 6–10 декабря.