«Вояджер-1» подтвердил данные «Пионеров» об атмосфере Юпитера. Яркостная температура планеты была 140 К или немного выше, что соответствовало положению непрозрачных облаков на уровне давления от 0,6 атм и ниже. (Потом эти данные уточнили и привязали верхушку аммиачных облаков к давлению 1,0 атм и температуре 160 К.) Радиоизмерения дали 150 К на уровне 0,6 атм; на отметке 0,1 атм наблюдалась тропопауза с температурой 113 К, а выше температура вновь росла до 130–160 К при давлении 0,01 атм.
5 марта 1979 г. в 12:04:36 UTC по бортовому времени, преодолев за полтора года путь протяженностью 998 млн км, «Вояджер-1» прошел над экваториальными широтами Юпитера на минимальной высоте около 277 600 км, то есть на расстоянии 4,888 радиуса от центра планеты.
Протоны радиационного пояса бомбардировали поверхность аппарата с частотой 10>5 частиц на 1 см>2, и лишь внутри орбиты Ио интенсивность сократилась более чем на порядок. Если бы на борту находился космонавт, он получил бы за время пролета дозу облучения в 400 000 рентген. Электроника «Вояджера» выдержала, наземная станция под Канберрой продолжала слышать сигнал.

На борту были отмечены лишь временные радиационные повреждения, которые, в частности, вызвали отставание внутренних «часов» системы FDS сначала на 6,3 секунды, а затем на все восемь. Рассинхронизация FDS с остальными компьютерами немного нарушила график операций. Все снимки делались на один цикл раньше запланированного, а с учетом отставания часов – на 40 секунд. Часть экспозиций накладывалась на развороты сканирующей платформы, в результате этого оказались смазанными некоторые снимки Ио и Ганимеда с высоким разрешением. Но и те, что поступали, производили ошеломляющее впечатление, и в зале приема информации то и дело раздавались возгласы удивления и радости. «Вчера мы сказали вам, что разберемся со всем этим после пролета, – заявил репортерам заместитель научного руководителя группы ISS Лоренс Содерблом. – Надеюсь, что вы не поверили».
Заместитель администратора NASA по космической науке Ноэл Хиннерс от души поздравил участников проекта с победой. Тем временем в 15:45 бортового времени станция вошла в радиотень, а в 16:38 – еще и в тень Юпитера, отсняв заход Солнца УФ-спектрометром. Измерения ночной стороны планеты ИК-радиометром и радиопросвечивание атмосферы в диапазонах S и X при выходе «Вояджера» из-за Юпитера принесли информацию о ее химическом составе: основные составляющие – водород и гелий (11 % по объему), малые – аммиак, метан и дейтерированный метан, этилен, ацетилен, этан, циановодород, окись и двуокись углерода, пары воды и такие необычные соединения, как тетрагидрид германия GeH