9 июля 1979 г. в 22:29:01,6 UTC по бортовому времени «Вояджер-2» проплыл над Юпитером на почтительном расстоянии около 720 000 км от центра планеты. В течение всего пролета уровни радиации были выше ожидаемых на основании опыта «Вояджера-1», что привело к быстрому дрейфу частоты приемника и потере канала управления через два часа после пролета. На поиск новой «волшебной частоты» потребовались ночь и половина дня 10 июля.
Чувствительный ультрафиолетовый спектрометр UVS пришлось выключить на шесть часов раньше запланированного срока. Получил новые повреждения фотополяриметр: колесо анализатора самопроизвольно повернулось на несколько позиций, а колесо фильтров стало пропускать каждое второе положение. Радиация вывела из строя передний детектор прибора CRS – один из четырех телескопов заряженных частиц LET. В остальном аппарат не пострадал.
Вулканическую Ио станция фотографировала сразу после прохождения перицентра с ночной стороны с почти неизменного расстояния от 1,13 млн до 1,22 млн км, успев отсмотреть 80 % поверхности. За десять часов «вахты Ио» было сделано около 200 снимков, из которых затем сложили «мультфильм». В конце сеанса, когда «Вояджер» находился почти точно в тени Ио, вулканические выбросы стали видны и на западной, и на восточной стороне диска. Вулкан P2 «раскочегарился» по сравнению с мартом и выдавал двойной «фонтан» высотой 175 км вместо 120 км, а вот P1 (Пеле), который открыла в марте Линда Морабито, перестал действовать. В общей сложности из восьми вулканов, найденных первым аппаратом, один – P4 по имени Волунд – оказался на невидимой стороне, один погас, а шесть продолжали извергаться, выбрасывая вещество на высоту от 100 до 185 км. Нашлись также следы еще одного извержения, состоявшегося в интервале между 5 марта и 9 июля 1979 г.
Кольцо Юпитера наблюдалось 8 июля на подлете и 11 июля на отлете четырьмя сеансами продолжительностью от 12 до 44 минут, в том числе в тени. Особенно удачными оказались шесть кадров, снятых через 26 часов после Юпитера с дистанции 1,45 млн км в проходящем солнечном свете с 96-секундной экспозицией. На них кольцо Юпитера оказалось сравнимым по яркости со свечением ободка атмосферы планеты. В нем выделялся яркий и узкий элемент шириной 800 км, найденный «Вояджером-1», и более широкая и темная внутренняя часть шириной 5200–5800 км. Фотографии не позволяли определить толщину кольца, ее оценивали косвенно: сначала говорили о 30 км, потом считали, что она не превышает 1 км, и наконец – от 0,4 до 0,8 км. Очевидно, кольцо состояло из частиц микронного размера, способных рассеивать свет. В ИК-диапазоне кольцо не было заметно.