Неожиданная смерть Генриха II передавала, по-видимому, власть в руки овдовевшей королевы, так как 16-летний король Франциск II был очень послушным сыном и притом не проявлял способностей к делам государственным, но Гизы, родственники жены короля Марии Стюарт, успели приобрести влияние на Франциска II и захватить власть. Франциск II, король Франции и благодаря браку с Марией Стюарт номинально также король Шотландии, был болезненным и психически неустойчивым подростком неполных шестнадцати лет, когда несчастный случай на турнире с отцом в июле 1559 года привел его на трон Франции. В смысле общепринятого правового понимания король был совершеннолетним, поэтому, несмотря на его болезненное состояние, вопрос о регентстве не стоял. Однако не возникало никаких сомнений в том, что выбор его ближайших советчиков ввиду естественной слабости его авторитета приобретал особо важное значение. Теперь наступил час Гизов, герцога Франциска и его брата Карла, изысканного и острого на язык кардинала Лотарингского. Екатерина получила и свои выгоды от этой неожиданной смерти мужа, предсказанной Нострадамусом. Екатерине наконец-то представилась возможность дать волю накопившемуся гневу и поквитаться с соперницей. Она потребовала, чтобы де Пуатье вернула ей драгоценности, принадлежащие короне, а также покинула свое жилище – замок Шенонсо. Звезда Дианы де Пуатье закатилась. Давний друг и любовница Генриха II покинула двор и переехала в менее роскошный замок Шомон. Тот, кто продвинулся благодаря ее протекции, должен был уступить место приближенным Екатерины Медичи или Гизов. Давняя соперница была устранена.
Короткий период правления Франциска II характеризовался ростом религиозной нетерпимости и военного противостояния между гугенотами, поклонниками кальвинизма, и католиками. Напомним, что Мария Стюарт Шотландская была католичкой, и Гизы страстно поддерживали ее, как и сама Екатерина Медичи. Однако последним приходилось считаться не только со старыми соперниками, такими как Монморанси и его единомышленники. Аристократы, бывшие в родстве с королевским домом, а при прекращении прямой линии имевшие право на престолонаследие (так называемые «принцы крови»), при существующей слабости монархии представляли серьезную опасность для ведущих министров. Два представителя Бурбонского дома были в этом отношении опаснейшими соперниками Гизов: Антуан, герцог Вандомский и благодаря браку с Жанной д'Альбре король Наваррский, и его младший брат Луи де Конде. По причине их особого отношения к королевскому дому они легко стали центром различнейших оппозиционных группировок и оба не делали никакой тайны из своей склонности к протестантизму. Именно в сфере религиозной политики Гизы побудили Франциска II к продолжению непреклонной линии его предшественника. Генрих II еще в Экуанском эдикте от 2 июня 1559 года распорядился наказывать смертью через сожжение преступление ереси; теперь были добавлены другие меры, которые затронули жизненный нерв существовавшей в подполье протестантской церкви: дома, служившие местом собраний, должны были быть разрушены, допущение или организация тайных сходок карались смертной казнью. Собственники феодальных владений с судебными полномочиями при нерадивом преследовании религиозных отступников лишались судебных прав. Церковные власти поощряли доносы на протестантов тем, что объявляли об отлучении от церкви в случае незаявления о ереси. Одновременно волна обысков увеличила количество арестов приверженцев нового учения. Религиозный антагонизм начал проникать и в низшие слои населения: взаимные провокации и кровавые столкновения между католиками и протестантами становились все чаще.