В 1918 году удачливый налетчик превратился в лихого партизанского командира, воюя в составе 45-й стрелковой дивизии (СД) на Украине против белогвардейцев, петлюровцев, махновцев, григорьевцев и иных атаманов, наводнивших «незалежную».
После официального окончания Гражданской войны продолжалась боевая служба Котовского в Красной армии (КА) — воевать пришлось с отрядами Нестора Махно на Украине и «антоновщине» в Тамбовской губернии.
Осенью 1921 года он становится командиром 2-го кавалерийского корпуса (КК). Это были годы НЭПа, и КА была в авангарде восстановления порушенного войнами народного хозяйства. Пришлось армейцам заниматься коммерческой деятельностью. Котовский пользовался огромной популярностью как в армейской среде, так и среди мирного населения.
Карьера лихого кавалериста шла в гору. Но 6 августа 1925 года он был застрелен Мейером Зайдером — начальником охраны Перегоновского сахарного завода на Кировоград-чине. В дореволюционной Одессе он был содержателем публичного дома. Мотив такого поведения до сих пор не выяснен.
Познакомился Котовский со своим убийцей при следующих обстоятельствах. Работая в большевистском подполье Одессы, он принимал участие в налетах на тюрьмы и контрразведку Деникина. Изымал во время акций оружие, боеприпасы и продовольствие. Переправлял его приднестровским партизанам. Кроме того, он устраивал диверсии на железных дорогах. После одной из таких операций его вычислила контрразведка противника. Облаченному в форму офицера Добровольческой армии Котовскому пришлось бежать от преследователей.
Он решил воспользоваться первым попавшимся домом. К его хозяину, а это был Мейер Зайдер, он по привычке обратился:
— Я — Котовский! Мне нужен ключ от вашего чердака. Вопросы будут потом. Вы не видели сегодня никакого капитана. Не так ли?
— Так-так, — залопотал одесский еврей.
— Ну и договорились…
Ночью Котовский, переодевшись в гражданское и надев парик, спустился и покинул квартиру.
— Я теперь твой должник.
В 1919 году Зайдер являлся адъютантом одесского налетчика Мишки Япончика и был известен под кличкой «Майорчик». В 1920 году публичный дом закрыла советская власть — Зайдер остался без средств к существованию. Пронырливый еврей, узнав, что в Умани расположен кавкорпус под командованием его должника, поехал к нему. Котовский устроил его начальником охраны сахарного завода. Наверное, этой должности ему показалось мало…
Котовский покидал временное жилище в совхозе Чебан-ка. К нему на проводы приехал Зайдер, мотивируя тем, что хочет помочь его семье собраться в обратную дорогу.