Затем он становится начальником Управления контрразведки Смерш НКО СССР по Туркестанскому военному округу. А с 1 октября 1945 года по 4 февраля 1946 года он проходит службу в должности начальника управления контрразведки Особого военного округа Кенигсберг. Управление размещалось в здании по нынешнему проспекту Победы, в доме № 124. Следует отметить, что местные жители называют до сих пор это здание чекистским термином — «СМЕРШ».
По прибытию к новому месту службы генерал-майор Н. Кравченко представился командующему Особым военным округом генерал-полковнику Кузьме Галицкому.
Кузьма Никитович принял его с подчеркнутым вниманием, уже до встречи узнав от сослуживцев о легендарном молодом генерале.
— Николай Григорьевич, я знаю, вы прибыли с теплых краев, не потревоженных войной, здесь сами видите, в каком состоянии город, — пояснял командующий. — Думаю, вам здесь надо начинать с устройства гнезда. Жилой фонд разрушили до основания снаряды и бомбы, и наши, и немецкие. Тяжело нам достался штурм этой прусской твердыни. Выкуривали немчуру лужеными глотками тысяч орудий. По вопросам размещения Управления контрразведки и личного состава обращайтесь к начальнику Временного гражданского управления Виктору Гузию.
— Да, Кузьма Никитович, то, что я увидел — потрясло, война закончилась, и надо переходить на мирные рельсы, но здесь, в Кенигсберге, последствия войны еще долго придется разгребать в прямом и переносном смысле, — согласился Кравченко.
— И для вашей службы работы тут по горло, — командующий большим пальцем руки как бы прочертил линию ниже подбородка. — Немцев, в том числе враждебно настроенных, осталось тут немало. Да и отряды польской Армии Краевой дают о себе знать. Стреляют в спины нашим людям, особенно воинам.
— Что ж, будем противопоставлять им наше оружие. Наведем порядок, — бодро заявил молодой генерал из Смерша.
— Надо, надо скорее очищаться от скверны бандитизма. Гражданский народ прибывает потихоньку, строительные специальности нужны в первую очередь…
А задач — политических, экономических, финансовых, заготовительных, строительных и оперативных — в этом Особом военном округе было невпроворот. Тут и установление твердого режима, обеспечивающего спокойствие для жизни и работы населения, и регистрация, и учет прибывающих и местных граждан, и их трудоустройство, и подготовка, и пуск предприятий местного значения для обслуживания нужд населения и потребностей.
Не надо забывать время и обстановку, в которой велась оперативная работа в Кенигсберге в период нахождения здесь Николая Кравченко, с 1945-го по 1946 год.