Кстати, в августе 1357 года по приглашению Тайдулы святитель Алексей снова ездил в Орду, где исцелил ханшу от глазной болезни. Сохранился ярлык, данный Тайдулой, согласно которому Русская церковь, «молящаяся за ханов», освобождается от всех даней, поборов и насилий со стороны светских властей. Греческий патриарх Филофей, согласившись поставить на Киевскую митрополию русского человека (Алексея), постарался упрочить зависимость всея Руси от византийской церкви. Его «настольная грамота» предписывала Алексею приезжать в Константинополь каждые два года или присылать за инструкциями своих иерархов.
В начале 1359 года (во время смоленско-московско-литовских военных действий) Алексей направился «на кафедру» в Киев, но был захвачен Ольгердом, ограблен и заточён. Два года просидел в плену, затем бежал и вернулся в Москву. Благодаря его дипломатии Москва избежала опасной войны «на три фронта»: с Ордой, Литвой и Тверью. Огромные суммы, выплаченные Орде (Мамаю) в 1371 году, позволили вернуть ярлык на великое княжение Дмитрию, когда на него зарился Михаил Тверской. Алексей стремился не допускать перевеса литовских сил в Твери и Нижнем Новгороде, выступая в качестве верховного арбитра во внутридинастических распрях. При верности интересам Москвы его политика в этих вопросах была взвешенной и не носила характера грубой и неприкрытой поддержки своих против чужих. Но в решающие моменты он умел быть жёстким. Когда смоленский князь Святослав и ряд других нарушили крестное целование, данное Дмитрию о союзе против Ольгерда, и перешли на сторону Литвы, Алексей отлучил их от Церкви; отлучён был и князь Михаил Тверской. Эти действия получили поддержку константинопольского патриарха Филофея. Однако триумф Алексея продолжался недолго. Лицемерное обвинение святителя в том, что он не занимается делами западной части митрополии, выдвинутое князем Ольгердом (из-за которого Алексей просидел два года в плену!), на основании чего выдвигалось требование создать отдельную митрополию (мечта Ольгерда!), имело реакцию. Патриарх Филофей призвал Алексея в Константинополь по поводу разбирательства, касающегося вопроса о западнорусской пастве, «оставленной без пастырского поучения и надзора», и направил своего полномочного представителя болгарского иеромонаха Киприана на Русь. Ему предстояло сыграть особую роль в истории русской церкви.
Лояльно относясь к ханам Орды, Алексей проводил политику, направленную на создание союза русских княжеств, которые могут противостоять Орде. Впервые такой союз, включавший в себя Москву, великие княжества Нижегородское, Ярославское, Ростовское, Рязанское и Новгородскую землю, был создан при энергичном содействии Алексея и Киприана в 1374 году. Но вместо того, чтобы обрушиться на Орду, он обрушился на Тверь! Этот «героический поход», с одной стороны, привёл к признанию главенства князя Дмитрия, а с другой стороны, разрушил здание, возводимое упорным трудом греческой дипломатии. В этой войне и патриарх, и его «посол» Киприан решительно встали на сторону Твери (и Литвы), а не Москвы! Патриарший посол склонен был винить в своей неудаче митрополита Алексея – вместо того, чтобы использовать свой авторитет и замирить Тверь, Алексей благословил Дмитрия на её разгром.