Однако уже в августе 1881 года, т. е. спустя всего несколько месяцев после гибели Александра II, Муромцев увольняется от должности проректора, а вскоре приказом министра народного просвещения от 22 августа увольняется и от должности профессора университета. В его архиве сохранился официальный документ с указанием причин отставки. Это «копия отношения окружного инспектора ректору Московского университета об увольнении проф. Муромцева С.А. ввиду его политической неблагонадежности»… С.А. Муромцев смог вернуться к преподаванию лишь двадцать лет спустя, когда в июне 1906 года вновь был утвержден профессором Московского университета по кафедре гражданского права.
Муромцев был, несомненно, цельной личностью, человеком одной идеи. Это видно по его лекциям, о которых сохранились воспоминания современников. Все они отмечают не только глубину и разносторонность его знаний, но и его попытку донести до слушателей либеральные ценности. Целью лекций Муромцева было формирование нового либерального общественного сознания. Свои либеральные принципы Муромцев активно проводил и в работе Юридического общества при Московском университете. Общество, объединявшее профессоров, адвокатов и студенчество, позволяло преодолеть формальные рамки бюрократической иерархии учебного процесса и в этом смысле само становилось важным институтом гражданского общества. Именно в рамках Юридического общества, где велись дискуссии по принципиальным вопросам теории и практики правовых реформ, Муромцев впервые проявил себя как общественно-политический деятель, стала очевидна способность рассмотреть всякий конкретный вопрос в общей перспективе государственного развития. Неотъемлемой частью этой деятельности стала работа Муромцева по изданию журнала «Юридический вестник», где отражались дискуссии в правовой науке, давалась критическая оценка новых идей и инициатив. «Я хочу придать этому журналу новый, живой характер, как в научном отделе, так и в практическом, – писал Муромцев. – Стараюсь завести организованную правильно судебную хронику и в ней бросить в нашу практику судов и адвокатов семена новых практических идей, взглядов, более благотворных, нежели те, кои руководят практикой теперь». Эта деятельность сделала Муромцева значимой общественной фигурой, определила его особый статус в университетской среде.
Именно Юридическое общество и «Юридический вестник» стали теми центрами, вокруг которых группировалась либеральная интеллигенция и рассматривались планы нового государственного устройства. В условиях, когда проекты конституционной реформы не могли обсуждаться открыто, неформальный характер научных и политических дискуссий в Обществе позволил заявить важнейшие идеи либеральной программы. Объективно неизбежные политические реформы, считал Муромцев, не должны застать общество врасплох. Необходима поэтому большая подготовительная работа по введению новых институтов народного представительства. Эта работа должна заключаться в создании важнейших законопроектов, призванных заложить основы конституционного строя. Муромцев и его коллеги исходили при этом из идеи радикальной реформы, движущей силой которой должно быть само правительство.