Благодаря влиянию Феодоры были значительно расширены права женщин в Византии. Также для бывших куртизанок императрица открыла монастырь «раскаяния» на берегу Босфора. Прокопий в «Тайной истории» говорит, что монастырь похож более на тюрьму, и что условия там были настолько суровые, отчего женщины предпочитали покончить с собой, чем терпеть эти мучения.
Также Феодора стремилась устроить жизнь и своих родственников. Так, её старшая сестра Комито стала женой полководца Ситты, старого друга Юстиниана. Также императрица устроила брак племянника Юстиниана Юстина (будущего императора Юстина II) со своей племянницей Элией Софией.
В начале 530-х годов Юстиниан начал жёсткую борьбу с монофизитами, учение которых было популярно в восточных провинциях империи. Многие священники-монофизиты были отправлены в ссылку или отлучены от церкви. Все эти радикальные реформы, да ещё и на фоне войны с Персией (526–532 гг.), могли грозить внутренним расколом и гражданской войной, что, в свою очередь, могло обернуться катастрофой.
Церковь святой Ирины. Константинополь
Феодора понимала это, да и к тому же сочувствовала монофизитам, так как провела довольно много времени в Александрии. И поэтому она уговорила Юстиниана сбавить обороты. Император постепенно прекратил преследования монофизитов, а затем и вовсе вернулся к политике компромисса. Так Восток был сохранён в составе Византии.
Феодора как могла покровительствовала монофизитам, надеясь на их окончательное примирение с халкидонитами. По настоянию императрицы, константинопольским патриархом в 535 году стал монофизит Анфимий (греч. Άνθιμος Α΄,? —560 гг.), но продержаться на посту ему суждено было всего год. Как только его взгляды вскрылись, жители Константинополя, преимущественно халкидониты, потребовали отстранить Анфимия, да и этого требовал папа, что и было сделано. Однако опальный патриарх ещё 12 лет проживал во дворце Феодоры, а следующим патриархом сделался халкидонит Мина.
Византийское серебряное кольцо с печатью. VI век
Когда же Юстиниан начал масштабную военную кампанию по возвращению Запада, Византии как никогда требовалась поддержка Папского престола. В 535 году византийцы вторглись в Италию и быстро продвигались по Сицилии и землям Кампании. Готский король Теодахад (лат. Thiudahadus, правил в 534–536 гг.) отправил папу Агапита (лат. Agapetus PP,? — 536 гг.) в Константинополь, чтобы тот повлиял на Юстиниана. В византийской столице папа задержался надолго, увязнув не столько в политических, сколько в религиозных спорах. Папе удалось повлиять на императора в делах религиозных, но он ничего не добился на политическом поле. А затем он и вовсе внезапно заболел и скончался 22 апреля 536 года.