Перед Первой мировой войной, в мае – июле 1914 г., Муратов снова был в Италии. С большим трудом, через Венецию, морским путем возвратился в Россию, где был сразу же призван в действующую армию. Служил офицером в гаубичной батарее на австрийском фронте; затем был переведен на Кавказ. С весны 1915 г. отвечал за воздушную оборону Севастополя, военным комендантом которого был его брат.
После большевистской революции, весной 1918 г., П.П. Муратов стал одним из организаторов Института итальянской культуры – «Studio Italiano», который просуществовал в Москве около пяти лет. Помимо самого Муратова и таких известных литераторов, как М. Осоргин и Б. Зайцев, в работе института участвовали молодые преподаватели университета и сотрудники Музея изобразительных искусств – А. Габричевский, Б. Виппер, Н. Романов, А. Сидоров, М. Хусид, С. Шервинский и др.
Просветительская и общественная деятельность Муратова (он был также одним из членов Комиссии помощи голодающим) привлекла внимание властей: в августе 1921 г. Муратов был арестован. Б. Зайцев вспоминал об аресте членов Помгола:
«Помню, – в прихожей раздался шум, неизвестно, что за шум, почему, но сразу стало ясно: идет беда. В следующее мгновение с десяток кожаных курток с револьверами, в высоких сапогах, бурей вылетели из полусумрака передней, и один из них гаркнул: „Постановлением Всероссийской Чрезвычайной Комиссии все присутствующие арестованы!“‹…› Еще помню, что через несколько минут через ту же прихожую пробирался к нам несколько неуклюже и как бы конфузливо П. П. Муратов. – „Ты зачем тут? Эх-х, ты…“ – Павел Павлович был тоже членом Комитета. Он опоздал. Подойдя к особняку, увидел чекистов, увидел арест… – „Ну и чего же ты не повернул?“ – „Да уж так, вместе заседали, вместе и отвечать…“»
Во внутренней тюрьме Лубянки (так называемой «конторе Аванесова») Муратов оказался в одной камере с Осоргиным и Зайцевым: для развлечения заключенные читали друг другу лекции об искусстве, литературе, истории. Вскоре Муратов был выпущен.
В начале 1922 г., как сотрудник отдела по делам музеев и охраны памятников искусства Наркомата просвещения, П. П. Муратов вместе с семьей выехал в заграничную командировку, из которой в Россию не вернулся. Жил в Германии, потом в Италии; бывал в Неаполе и Сорренто, на вилле «Сорито» у Горького.
В 1927 г. П. П. Муратов, отрицательно относившийся к муссолиниевской диктатуре, уехал из Рима в Париж. Бывал в Японии, Америке, а незадолго до Второй мировой войны перебрался в Англию. Умер П. П. Муратов в 1950 г. в имении друзей в Ирландии.