Объектом критики стали также некоторые методы философского исследования, в частности позитивизм. Отчасти эта критика связана с критикой экономического детерминизма, признающего в какой-то степени позитивистскую теорию познания. Как известно, одним из важных постулатов позитивизма является утверждение, что один и тот же научный метод может применяться во всех сферах знания. В качестве стандарта точности и определенности позитивисты взяли естественные науки и распространили его на все остальные науки. Позитивисты считали, что знание по природе своей нейтрально и что необходимо изъять человеческие ценности из процесса исследования. Это убеждение в свою очередь привело их к выводу, что наука не может давать какие-либо рекомендации в отношении того или иного социального действия.
Критическая школа выступала против позитивизма по нескольким основаниям.
Во-первых, позитивизм обнаруживал тенденцию к упрощению.
Во-вторых, тот факт, что социальный мир рассматривается ими по аналогии с естественным. Представители критической теории, в отличие от позитивистов, делали акцент на человеческой деятельности и ее влиянии на социальные структуры. Иными словами, по мнению Хабермаса, позитивизм упускал действующих лиц (акторов) из виду, низводя их, по существу, до пассивных элементов, приводимых в движение «природными силами». Поэтому Хабермас полагал, что нельзя согласиться с тем, что общие законы науки могут быть прямо применены для объяснения человеческих действий.
В-третьих, позитивизм уделял особое внимание средствам, используемым для достижения определенных целей, но он не сумел осмыслить сами цели.
В результате критики пришли к выводу, что позитивизм по сути своей весьма консервативен и не способен бросить вызов существующей системе. Позитивизм обрекает актора и исследователя на пассивность. Марксисты, даже новейшего типа, разумеется, не могли согласиться с теорией, которая не связывает теорию и практику.
Многие неомарксисты вообще отвергали позитивизм (например, адепты структурализма, аналитического марксизма) и даже полагали, что сам Маркс грешил позитивизмом.
Тем не менее большая часть критической литературы посвящена анализу современного общества и различных его компонентов. Ранние труды Маркса были посвящены главным образом изучению экономики. Критическая теория перенесла свой акцент с экономики на уровень культуры в свете того, что сегодня считается реальностью капиталистической системы. Иными словами, центр господства сместился из экономики в сферу культуры. Критическая школа, таким образом, сохранила свой интерес к проблеме господства, хотя и считает, что в современном мире это скорее будет господство, состоящее из культурных, а не экономических элементов. Она говорит о культурной репрессии по отношению к индивиду в современном мире.