Область интересов «позднего» Фуко может быть охарактеризована одной фразой — «генеалогия власти». Он многое берет у Ницше как философа, писавшего прежде всего о власти. Фуко начал размышлять о том, каким образом люди управляют собой и другими. В частности, он проследил, каким образом знание генерирует власть, превращая людей в подданных, и как происходит управление с помощью знания. Он критиковал иерархизацию знания. Поскольку наиболее высоко ценимые формы знания (например, наука) обладают наибольшей властью, они и заслуживают самой серьезной критики. Фуко интересовали технологии, выводимые из знания (в особенности научного знания), и то, каким образом они используются различными институтами для осуществления власти над людьми. Хотя Фуко и сумел выявить связь между знанием и властью, «заговор элиты» оказался вне сферы его интересов, поскольку мыслителя больше привлекали структурные отношения. В истории Фуко не увидел прогресса от жестокости примитивных обществ к современному гуманизму, основывающемуся на более широкой системе знаний (об этом много писали в 1950—1960 гг.). По его мнению, история развивалась от одной системы господства (основанной на знании) к другой. Причем всегда знание-власть подвергается «вызовам», поскольку сопротивление им неизбежно. Фуко часто обращается к историческим примерам, но по-настоящему его интересует только современность. Фуко пишет историю настоящего.
В работе «Сумасшествие и цивилизация» (1965) он представил «археологию знания» на примере психиатрии. Фуко начинает свое исследование с эпохи Возрождения, когда разум и безумие еще не были разделены. Между 1650 и 1800 гг., т.е. в «классическую эпоху», между ними устанавливается различие, и в конце концов разум подчиняет себе безумие. Иными словами, Фуко описывает «прерванный диалог» между разумом и безумием.
Разум торжествует в самом чистом виде, он одерживает триумф над застывшим безумием, которое выбрасывается из сферы воображаемой свободы. Время процветания безумия осталось в эпохе Возрождения. В Модерне для него уже нет места. Кажется, еще совсем недавно оно, не стесняясь, выходило на белый свет, пишет Фуко, вспомним хотя бы короля Лира или Дон Кихота. Но не прошло и полвека, как безумие оказалось заточенным в крепость.
Здесь очевидно влияние образа «железной клетки», описанного Максом Вебером. Безумные (иррациональное) отгорожены прутьями «железной клетки», построенной из разума (рационального).
Научная психология XIX в. выросла именно на основе введения разделения между человеком безумным и находящимся в здравом уме, осуществленного в предыдущем столетии. Фуко даже назвал психиатрию монологом разума о безумии. Поначалу медицина была ответственна за физическое и моральное лечение безумных, однако позднее научная психиатрия преодолела моральные барьеры. Иными словами, подлинно психологическая медицина стала возможной только тогда, когда безумие было противопоставлено норме в качестве вины. По мнению Фуко, то, что считается сегодня психиатрической практикой, — это вполне определенная современная моральная тактика, берущая свое начало в XVIII столетии, заключающаяся в поддержке права на жизнь в сумасшедшем доме и, по существу, воплощающая мифы позитивизма. Таким образом, для Фуко психология и психиатрия — моральное начинание, а не научная сфера, и направлены против безумных, которые не в состоянии защитить себя от такой «помощи». Практически безумцы приговорены так называемым научным прогрессом к заключению в «гигантской моральной тюрьме».