Для пресечения миссионерской деятельности европейцев и недопущения колониального подчинения страны правительство сёгуна еще в 1636 г. издало эдикт об ограничении контактов своих подданных с иностранцами и запрете японцам под страхом смерти покидать страну. Запрещался ввоз в Японию каких бы то ни было книг, упоминавших о западных странах и христианской религии. Правительственным указом 1639 г. иностранцам было предписано прекратить всякую торговлю в Японии. В стране вводился строгий режим самоизоляции. Закон об изоляции гласил: «На будущее время, доколе солнце освещает мир, никто не смеет приставать к берегам Японии, хотя бы он даже и был посланником, и этот закон никогда не может быть никем отменен под страхом смерти». Приверженцев христианской веры, как европейцев, так и японцев, правительство подвергало жестоким казням: их зарывали живыми в землю, распинали на кресте, сажали на кол, распиливали на части, сжигали живыми, нередко целыми семьями, бросали в кратер действующего вулкана или завязывали в мешки и сжигали на медленном огне. По существующим сведениям, за 1614–1650 гг. за принадлежность к христианской вере было казнено 2128 человек, в том числе 71 европеец. Однако в действительности жертв было больше.
Ограниченная торговля была разрешена только голландцам. Им был выделен маленький островок Дэдзима в нагасакской гавани, где они проживали под строгим наблюдением властей. Объявленная политика самоизоляции хотя и затормозила развитие страны и консервировала ее феодальные порядки, в то же время эффективно воспрепятствовала превращению Японии в зависимое государство.
В отличие от западноевропейцев, проникновение русских на Восток шло как освоение новых земель русскими поселенцами, в результате чего сибирские и дальневосточные районы были включены в состав российского государства. Если из Западной Европы на вновь открытые территории Восточной Азии направлялись купцы, военные корабли, чиновники и миссионеры, то из России в восточном направлении продвигались не только заинтересованные в добыче пушнины купцы, но и искавшие свободной пахотной земли и вольной жизни казаки, беглые крестьяне, промысловые и служилые люди. Относительная легкость продвижения русских объяснялась тем, что оно проходило без противодействия других держав, ибо в XVI в. Сибирь, как Америка до Колумба, была неведомой для европейцев землей. Хотя в ряде случаев местные племена оказывали сопротивление русским, остановить их продвижение на Восток они не могли. В результате к середине XVII в. русские землепроходцы и промысловые люди вышли к Тихому океану.