В апреле 8-я воздушная армия ВВС США продолжила налеты. 10 апреля 900 «Летающих крепостей» и «Либерейторов» вылетели на бомбежку шести целей на востоке Германии. Бомбардировщики сопровождали шесть истребительных групп «Мустангов» и четыре группы «Лайтнингов». Между Познанью и Ростоком 45-е и 13-е бомбардировочное крыло были атакованы Ю-88 и Ме-410, вооруженными ракетами. Американцы потеряли 25 машин. Шедшее без прикрытия 40-е бомбардировочное крыло немецкие истребители перехватили над Штеттином. И в этом случае американцы понесли тяжелые потери. Всего 8-я воздушная армия США в эти дни потеряла 52 «Летающие крепости», 12 «Либерейторов» и 16 истребителей прикрытия.
Летом 1943 года Ме-410A-2/U4, вооруженные пушками ВК 5, поступили в заново сформированную группу II./ZG 26. Группа входила в систему противовоздушной обороны рейха и смогла сбить большое количество американских бомбардировщиков. Однако 13 мая 1944 г. при попытке перехватить американские бомбардировщики в районе Познани немецкие тяжелые истребители понесли тяжелые потери в бою с американскими истребителями «Мустанг». В результате группа потеряла боеспособность. В дальнейшем ее переоснастили истребителями ФВ-190 и переименовали в II./JG 6.
7 июля Ме-410 вместе с ФВ-190 атаковали группу В-24, летевшую бомбить авиационные заводы и завод синтетического топлива. Семь Ме-410 завязали бой с двумя группами «Лайтнингов». Один Р-38, пилотированный капитаном Джеймсом Моррисом (7 воздушных побед), из 20-й группы попал под огонь 13-мм пулеметов одного из Ме-410 и был сбит. Когда же в бой вступила 38-я истребительная эскадрилья, союзники в течение нескольких минут сбили три и повредили четыре Ме-410.
Летом 1944 г. немецкие заводы синтетического топлива, расположенные в Австрии, Венгрии и Чехословакии, стали целью 15-й воздушной армии США, базировавшейся в Италии. 16 июня 1944 г. 37-я бомбардировочная группа совершила налет на завод «Nova» в Швехате (возле Вены) и «Apollo» в Посони (Венгрия). Выходивших к цели американцев со всех сторон атаковало около 40 немецких одно– и двухмоторных истребителей, в том числе и Ме-410. В завязавшемся бою немцы потеряли несколько машин. Один Ме-410А-1 из I./ZG 76 упал в шести километрах от Гонью (Венгрия). Экипаж погиб. Другой Ме-410В-2 «Hornisse» из II./ZG 76 разбился в 18 км восточнее Дьера (Венгрия).
26 июня целями союзнических бомбардировщиков стали 5 нефтеперегонных заводов в районе Вены. Над Моосбирбаумом отряд из 36 «Либерейторов» из 445-й бомбардировочной группы был атакован двадцатью немецкими двухмоторными истребителями из I./ZG 76. Одновременно, немецкие одномоторные истребители связали боем американские истребители сопровождения. Ме-410 обстреляли В-24 из пушек и выпустили ракеты. В свою очередь, бортстрелки американских бомбардировщиков открыли ответный огонь и сбили несколько Ме-410, в том числе самолет, упавший в районе Алшокеменеш (Венгрия). Пилот Штраубе и стрелок-радист Шроер погибли. Другой Ме-410B-2/U2 разбился у города Куты (Моравия). Экипаж – пилот, ефрейтор Эверс, и стрелок-радист, ефрейтор Шауэнбург, – также погиб. Над Кенигграцем (северо-восточнее Праги) погибли пилот Беземюллер и стрелок-радист Вассерманн. Их Ме-410 М8 также был сбит.