Самки бегемотов впервые размножаются в возрасте девяти лет, самцы — семи. Период спаривания наступает дважды в году, в феврале и августе, т. е. в конце сухого периода, и протекает на мелководье, там же самка и рождает единственного детеныша после 240 дней беременности. Близнецы исключительно редки. Новорожденный уже через день может самостоятельно сопровождать мать. Самка в это время очень агрессивна и собственным телом ограждает детеныша от соплеменников, особенно старых самцов, которые е толкотне легко могут затоптать малыша. Однако, несмотря на тщательную опеку, молодые бегемоты ночью на пастбище часто становятся жертвой львов, леопардов, даже гиеновых собак и гиен. Известны случаи успешного нападения львов и на взрослых животных. Крокодилы же вопреки широко бытующему мнению на бегемотов почти никогда не нападают. Смертность молодняка исключительно велика и достигает в первый год жизни 20 %. Зато в последующие тридцать-сорок лет она не превышает 6 %. Среди бегемотов старше этого возраста смертность снова возрастает до 40 %.
Бегемоты не избежали общей участи крупных животных Африки. Если еще в начале прошлого века они жили буквально на всех водоемах огромной территории от низовьев Нила до Кейптауна, то сейчас в большинстве районов они полностью истреблены. В сколько-нибудь значительном количестве бегемоты сохранились лишь в Центральной и отчасти Восточной Африке, да и то только в национальных парках. Вместе с тем на охраняемых территориях концентрация их возросла совершенно невероятно. Например, в парке Мэрчисон-Фоллс на участке реки протяженностью около 20 км живет более 10 тыс. бегемотов. По берегам Семлики-Нила, в национальном парке Вирунга (Заир) и на побережье оз. Эдуарда, в национальном парке Куин-Элизабет на 1 км берега приходится от 50 до 200 животных, а общая численность составляет 25–30 тыс. Таковы результаты эффективной охраны, плоды труда многих и многих энтузиастов.
Однако охрана обернулась совершенно неожиданной стороной, и это был первый тревожный сигнал, первый удар по позиции полного невмешательства в дела природы. Бегемоты уничтожили растительность вокруг водоемов, вызвав глубокую пастбищную депрессию. Первыми и наиболее серьезно пострадали низменные болотные участки вокруг оз. Эдуарда, на полуострове Мвея, в национальном парке Куин-Элизабет. Это не только тяжело отразилось на самих бегемотах, но и повлекло откочевку других животных: слонов, буйволов, водяных и болотных козлов. Парк сразу утратил свою привлекательность для туристов.
Группа зоологов, специально изучившая положение с бегемотами, вынесла категорическое решение: численность бегемотов в национальных парках необходимо контролировать, проводя ежегодно отстрел животных. Однако заявление это вызвало не менее категорические и решительные возражения общественности, которая, как и несколькими годами позже, при возникновении «слоновой проблемы», увидела в этих мерах лишь посягательство на суверенность национальных парков. В длительной дискуссии решающим доводом стало быстрое ухудшение положения самих животных и жалобы сотрудников национальных парков. В итоге с конца 50-х годов начат планомерный отстрел бегемотов. В парке Куин-Элизабет их отстреливают сейчас около 1000 в год, в Мэрчисон-Фоллс — несколько меньше. Растительность вокруг оз. Эдуарда и на полуострове Мвея восстановилась за два года, и на эти территории снова вернулись слоны, буйволы и другие животные.